genome graphに遺伝子のスタート座標を乗せよう。

bedgraphでカスタムトラックに追加してから、

インポートでgenome graphへ。

##----------------------------------------##
#
# note batch file for gb2bedgraph.pl
#
##----------------------------------------##

usage :

perl all_chrgb2bed.pl xxxx.gb outdir

for ex.
[hoge@boss5 rn4]# perl all_chr.gb2bed.pl rat_uniq_gene.gb rn4start_bedgraph
[hoge@boss5 rn4start_bedgraph]# ls
..........
[hoge@boss5 rn4start_bedgraph]# head chr1.start_gene.bedgraph
chr1 1306646 1306647 1
chr1 2394947 2394948 1
chr1 5975207 5975208 1
chr1 6051558 6051559 1
...............
[hoge@boss5 rn4start_bedgraph]# cat chr*.start_gene.bedgraph > all_chr.start_gene.bedgraph

genomegraph uploaded as a custom track in the UCSC genome browser
coverage select

#!/usr/bin/perl
#
# bacth file for bed and bedgraph

$| = 1;

@chrarr = ('1', '2', '3', '4', '5',
'6', '7', '8', '9', '10',
'11', '12', '13', '14', '15',
'16', '17', '18', '19', '20',
'X');

if ($#ARGV < 0) {
print STDERR "\n";
print STDERR "Usage: all_chr.gb2bed(graph).pl xxx.gb outdir\n\n";
exit;
} else {
$gbfile = $ARGV[0];
$outdir = $ARGV[1];

if (-d $outdir) {
print STDERR "\n";
print STDERR "ERROR: outdir, $outdir, alredy exists!!\n\n";
exit;
} else {
system("mkdir $outdir");
}
}

#$gb2bed = "gb2bed.pl";
$gb2bedgraph = "gb2bedgraph.pl";
$space = "\[\[\:space\:\]\]";

foreach $i (0..$#chrarr) {
$chr = "chr$chrarr[$i]";
$start_genefile = "$outdir/$chr.start_gene.bed";
#system("\grep \"$space$chr$space\" $gbfile | perl $gb2bed - > $start_genefile");
system("\grep \"$space$chr$space\" $gbfile | perl $gb2bedgraph - > $start_genefile");
}

[hoge@boss5 rn4]# perl all_chr.gb2bed.pl rat_uniq_gene.gb rn4start_bedgraph

##----------------------##
#
# gb2bedgraph.pl
#
##---------------------##
#!usr/bin/perl
#
##----------------------------------------##
#
# note batch file for gb2bedgraph.pl
#
##----------------------------------------##

usage :

perl all_chrgb2bed.pl xxxx.gb outdir

for ex.
[hoge@boss5 rn4]# perl all_chr.gb2bed.pl rat_uniq_gene.gb rn4start_bedgraph
[hoge@boss5 rn4start_bedgraph]# ls
chr1.start_gene.bedgraph chr15.start_gene.bedgraph chr20.start_gene.bedgraph chr8.start_gene.bedgraph
chr10.start_gene.bedgraph chr16.start_gene.bedgraph chr3.start_gene.bedgraph chr9.start_gene.bedgraph
..........
[hoge@boss5 rn4start_bedgraph]# head chr1.start_gene.bedgraph

このように

chr　　start(0始まりのgene)　start+1　　高さ1　(適当に全部同じ高さ)

chr1 1306646 1306647 1
chr1 2394947 2394948 1
chr1 5975207 5975208 1
chr1 6051558 6051559 1
...............

こんなフォーマットで作ってみた。

[hoge@boss5 rn4start_bedgraph]# cat chr*.start_gene.bedgraph > all_chr.start_gene.bedgraph

genomegraph uploaded as a custom track in the UCSC genome browser
coverage select

genome graphに遺伝子のスタート座標を乗せよう。

bedgraphでカスタムトラックに追加してから、

インポートでgenome graphへ。

①普通のゲノムブラウザにaddカスタムトラックする。

②ゲノムブラウザに飛ぶとこんな感じ。

gene startに｜｜|||｜ ||||| || ||　　　と並ぶ。

③先ほどのカスタムトラックに入れたのをゲノムグラフでインポート

Custum tracks rn4gene

table: ct_rn4gene_5451(勝手に番号が付いているみたい)

・　depth　を選択。

1000000000　base　と入力。

submit　する。

④ゲノムブラウザにrn4gene_011を選択。

⑤なんかdepthまあ違ったっぽい。

⑥importへ。

⑦import table to genome graphsのページで今度はcoverageを選択する。

⑧ゲノムブラウザでこれを見てみると、

＾＾＾＾　　　^^^　＾　このような形でcoverageが示される。

2011年04月02日作業履歴 genome graphに遺伝子のスタート座標を乗せよう

2011年04月02日作業履歴　genome graphに遺伝子のスタート座標を乗せよう