次は７つ目の解説はじまりはじまり2000年代2000年3月1日、4月からの新年度を待たずにオープニングの演出を大幅に変更し、番組当初から行われていたオープニングでのタモリによるウキウキwatchingの熱唱が廃止。
タモリが歌わなくなり、タモリ各曜日レギュラー陣全員が登場後、すぐオープニングコーナーが開始されるようになり、現在もこの形で番組がスタートする。
2002年2月22日、マイクロソフト会長のビルゲイツがオープニングの特別企画に出演。
総合司会のタモリにXbox日本1号機をもらえる券と引き換えに同日に発売されたXboxを手渡した。
2002年4月5日、放送回数5000回を迎え、総合司会のタモリが生放送単独司会世界記録として、2003年度版ギネスブックに認定される、翌年2003年1月15日放送分のオープニングでは当時首相であった小泉純一郎と生放送中に電話会談をし、タモリへ首相から直々にお祝いの言葉が贈られた。
2002年4月7日、増刊号では、放送回数5000回記念として、全曜日レギュラー陣のいいとも初登場シーンや懐かしい各曜日日替わりコーナーなどを映像で振り返った。
2002年9月27日、ケーブルテレビの普及に伴い山梨県でフジテレビが通常視聴できる状態が常態化していたことから、山梨放送での放送が終了。
2002年12月、総合司会のタモリが5度目のサングラス変更。
2003年1月5日放送分の増刊号スペシャルで姓名判断をした結果、いいともは71歳まで出来るという結果が出ている総合司会のタモリもいいとも内では時々、タモリが老後になった時の姿を想像して表現し、ネタにしている。
2003年9月22日から9月26日まで試験的に、関東地方で番組開始から終了までの1時間、画面左上に時刻表示されるようになる字体は夕方のニュース等と同じ。
翌週からは一旦消滅したものの同年11月3日から本格的に時刻表示が開始され現在に至る。
新宿スタジオアルタがハイビジョン化工事工事期間2005年6月25日7月24日の時の間、2005年6月27日7月22日の放送分はフジテレビのV3スタジオから生放送がされた15。
2005年7月25日から、スタジオアルタのハイビジョン化工事の完了によりフジテレビ東海テレビ関西テレビの地上デジタル放送ではハイビジョン放送画面サイズが169で放送されるようになり、他の系列局でも順次地上デジタル放送開始と同時にハイビジョン放送となった。
青森テレビでは、2010年6月21日から、テレビ山口でも2010年7月頃からハイビジョン放送になった。
同時にタモリがオープニングや日替わりコーナー等で持つマイクも現在のものへ変更スポンジの色は随時変わる。
2005年9月21日、テレフォンショッキングのコーナーで観客の1人がいいともが年内で終了するのかと質問し、スタッフにより退席させられた。
その後、CM明けにはその席には熊のぬいぐるみが置かれていた。
2006年1月から関東地方のアナログ放送で番組第1回からあった時報が廃止された。
番組放送終了時の未公開トーク集で、タモリがドッキリとしてお台場記念ゲストです福山雅治君ですといって、しばしば冗談を言っていたが、2006年5月15日の放送終了後にてその日のテレフォンショッキングに出演していた福山が実際に登場した。
2006年3月7日放送分には放送回数6000回を刻印したいいともの番組ロゴマークが入ったメロンパンをその日に出演していたゲスト、客席全員に配付した。
2006年10月2日から10月6日までの一週間は、番組開始から25年目に突入することを記念してお台場のフジテレビから生放送され、同年10月7日には秋の祭典スペシャルを放送。
2007年9月14日、番組放送開始からいいとも青年隊少女隊AD隊のオープニングスの振り付けを担当していた土居甫が悪性リンパ腫で死亡。
後継人として現在は渡辺美津子が担当している。
2008年8月7日の午前中、タモリと水曜レギュラー当時は木曜レギュラーのおすぎは赤塚不二夫の告別式に参列した。
特に、タモリにとっては芸能界デビューへのきっかけを作った恩人であり、葬儀では森田一義名義で弔辞を読みあげ、当日のいいともには両人とも予定通りオープニングから出演した。
2009年4月から、番組開始当初はCMに入る前に笑っていいともチャット オナニーのロゴを右下に出して、CMに入っていたが、1998年頃から笑っていいとものロゴを右下に出し、その左下にCMの後、このあとなど、次のコーナーの紹介やCM明けの告知などを出していた。
だが、2009年4月27日生放送分からは、笑っていいとものロゴを右下に出し、その左下にCMの後など、次のコーナーの紹介やCM明けの告知などを廃止し、画面下に黒枠で左にCMの後、このあとなど青文字にし、赤字で大きく次のコーナーの紹介やCM明けの告知などを表示するように変更になった。
2009年4月24日、金曜レギュラーの草x93塙筺xCASMAPが2009年4月23日未明に公然わいせつ罪により逮捕されこの日の出演はキャンセルされた。
オープニングのレギュラー陣紹介の時に平井理央アナから金曜レギュラーの草x93塙笋気鵑蓮麁擦砲襪茲Δ幣靴任瓦兇い泙垢里破榮苺気擦討い燭世④泙后修渓瓦兇い泙擦鵝廚叛睫世辰拭修慮紂崛箸魎泙狒瓦討離譽絅蕁屡崛箸藕瀏弔掘未禄弍藜佑箸いΨ舛砲覆辰拭修慮紂xA22009年5月29日の放送で復帰した。
2009年7月10日放送分のエンディングで、平井理央アナから総合司会のタモリが精密検査を行うために次週の放送を丸々休むことを発表した。
その中で検査とともに白内障の手術も行うことをタモリが自ら語った。