犬の指間炎は、指の腹や肉球に発生した小さな傷からバイキンが入り込んでしまった事で、
皮膚に炎症が起こっていたり、アトピーなどのアレルギー素因を持っているために、足の裏の細菌や真菌（カビ）に対して過敏に痒みが発生したり、炎症が起こっている事などが原因と言われています。
また、そのような原因に加え、足の裏の汚れや、シャンプーや駆虫薬などの薬剤の刺激が、痒みや腫れなどの炎症をひどくしている場合もあります。
犬はストレスを感じると、何度も同じ所を舐め続けるなど、常同行動を行う事で気持ちを落ち着かせようとする事がありますが、指先や肉球を何度も舐める事で、皮膚が傷付いたり、口腔細菌が皮下に入り込んだために、炎症が起きてしまう事もあります。
このように、何度も同じ所を舐め続ける事によって生じる皮膚炎は、舐性皮膚炎と呼ばれています。
他にも、犬の指の間や肉球には、エクリン腺（小汗腺）と呼ばれる水分量の多い汗を分泌する汗腺が密集して存在していますので、他の部位に比べると、とても湿気やすいため、雑菌が繁殖しやすくなっています。
それが、指間炎を誘発している場合もあります。
涙やけは、目頭や目尻から溢れ出た涙の成分を含んだ被毛に雑菌が繁殖してしまい、被毛の変色が起こったものですが、指の間や肉球から出る汗の成分によって雑菌が繁殖した場合においても、同じように指の間の被毛が変色する事があります。
そのような場合は、足の裏の湿気または汚れによって、雑菌が過剰に繁殖しすぎている可能性が考えられます。