目の分泌物には涙腺やマイボーム腺からの分泌物、角膜、結膜からの分泌物があり、それらに合まれるタンパク質、脂質、糖類、指類などがレンズを汚します。日の分泌物の泣は目の状態によって異なります。秋から冬の季節、エアコンのきいた室内などは目も乾燥し、コンタクトレンズによる刺激が強くなって、分泌物がふえることもあります。
コンタクトレンズが汚れると、コンタクトレンズの酸素透過性（コンタクトレンズが酸素を通す性質）を低下させるため、角膜の酸素不足の原因になります。外部からレンズにつく汚れには化粧品、タバコの煙、空気中のゴミ、手指の汚れなどがあり、とくに化粧品によるレンズの汚れが増加しています。
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