Google Chromeのウィンドウの色は初期設定では白になっている。
まぶしいと感じるときはまず、ディスプレイの輝度を下げてみる。
それでもまぶしいときは背景色を変えてみるとよい。

Google公式の「ハイコントラスト」という拡張機能を使うと、ウィンドウの色を白から黒に反転できるが、画面遷移時や新しいタブを開くときに一瞬白になるので、かえって目に負担がかかる。

聞くところによると、背景色は黒より灰色の方が目に優しいらしい。

（参考）awgs Foundry「Windows 7 のウィンドウの背景色を白から違う色へ変更したときのメモ」

灰色はハイコントラスト拡張では実現できないが、Stylist拡張では可能。

（参考）Yahoo知恵袋「検索結果ページなどの背景色が白で目が痛くなってしまいます。」

margin0pxさんの回答によると、
body {background-color:#eeeeee !important;}
と指定する。

色（上記の#eeeeee部分）は16進数で指定することになる。RGB値を16進数に変換するサイトの一例として下記がある。
PEKO-STEP「WEBカラーチャート」

ちなみにawgsさんおすすめのR:221 G:221 B:221は#ddddddになる。

すべてのウェブサイトに色の変更を適用するには、Stylist拡張で「All site」に設定すればよいが、特定のサイト「以外」すべてに適用するには、「All site」の左脇のチェックを外し、下に表示される条件でregexpを選び、右脇の入力欄に
^(?!.*yahoo).+$
などとする。
（参考）mymemo「【正規表現】文字列の否定、ある文字列を含まない」

Google Chromeの背景色を変更する