アンパンマンへの協力・共闘
自分の手でアンパンマンを倒すことを夢に見ているが、アンパンマンに助けられたり顔を食べさせてもらったときは協力する（アンパンマンに助けられた（＝負けた）ことを認めたくないというのも理由の一つである）など、潔い一面もある。
アニメにおいて初めてアンパンマンに協力したのは『アンパンマンとイタイノトンデケダケ』で、奪ったイタイノトンデケダケを持ってアンパンマンから逃げる際に洞窟の川に落ちてしまう。
アンパンマンに助けられるが、イタイノトンデケダケは滝に流されてしまい、疲れて気絶したアンパンマンを最初は嘲笑したが、自分を助けてくれたアンパンマンを放っておけなかったのか、流されていたイタイノトンデケダケを見つけてアンパンマンの元に置いて隠れる。
その後、目を覚ましてそれに気づいたアンパンマンは、ばいきんまんへのお礼を口にしながら帰っていき、それを隠れて聞いていたばいきんまんは
「礼を言われたくてやったんじゃないやい、バーロー」
と頬を染めながら呟いていた。
『アンパンマンととぶ木馬』では、自分が作ったとぶ木馬にドキンちゃんが乗って遊ぼうとしたが、その木馬をドキンちゃんが壊してピンチになり、アンパンマンの協力を拒否して一人で助けようとするが、UFOが岩場にぶつかって壊れて助ける方法がなくなり、アンパンマンもドキンちゃんを助ける途中で滝の水を被って顔を濡らしてしまう。
このことで、ばいきんまんは、悔しがっていたがドキンちゃんを助けられるのは、アンパンマンしかいないと判断し、自ら、ジャムおじさん達のいるアンパンマン号の元に向かい、アンパンマンの新しい顔を受け取り、アンパンマンを助けると言う意外な一面を見せた。
この御陰でドキンちゃんはアンパンマンに無事救出される（このとき「バンザイキーン」と言って喜んでいた）。
アンパンマンは、自分を助けてくれたばいきんまんに感謝し、ジャムおじさん達も彼にお礼を言い、ドキンちゃんも自分を助けてくれたアンパンマンにお礼を言った。
ばいきんまんは、
「これぐらいの事で、アンパンマンと仲良くなると思うなよ」
と呟き、ドキンちゃんと共にUFOに乗って去って行ったが、その去り際にはまんざらでもないような笑顔を見せていた。
やっぱすきすぎる！
いい歳してばいきんまんて(笑)て思われるからいい加減ばいきん離れしなきゃとおもってたけどやっぱりすき！
いつになっても卒業できない
家出したかびが心配すぎてＵＦＯのって城を飛び出すばいきんとか、なんなら泣けるレベル！
ねえみんなちょっとほんとにばいきんの魅力に気付いて笑
自分の手でアンパンマンを倒すことを夢に見ているが、アンパンマンに助けられたり顔を食べさせてもらったときは協力する（アンパンマンに助けられた（＝負けた）ことを認めたくないというのも理由の一つである）など、潔い一面もある。
アニメにおいて初めてアンパンマンに協力したのは『アンパンマンとイタイノトンデケダケ』で、奪ったイタイノトンデケダケを持ってアンパンマンから逃げる際に洞窟の川に落ちてしまう。
アンパンマンに助けられるが、イタイノトンデケダケは滝に流されてしまい、疲れて気絶したアンパンマンを最初は嘲笑したが、自分を助けてくれたアンパンマンを放っておけなかったのか、流されていたイタイノトンデケダケを見つけてアンパンマンの元に置いて隠れる。
その後、目を覚ましてそれに気づいたアンパンマンは、ばいきんまんへのお礼を口にしながら帰っていき、それを隠れて聞いていたばいきんまんは
「礼を言われたくてやったんじゃないやい、バーロー」
と頬を染めながら呟いていた。
『アンパンマンととぶ木馬』では、自分が作ったとぶ木馬にドキンちゃんが乗って遊ぼうとしたが、その木馬をドキンちゃんが壊してピンチになり、アンパンマンの協力を拒否して一人で助けようとするが、UFOが岩場にぶつかって壊れて助ける方法がなくなり、アンパンマンもドキンちゃんを助ける途中で滝の水を被って顔を濡らしてしまう。
このことで、ばいきんまんは、悔しがっていたがドキンちゃんを助けられるのは、アンパンマンしかいないと判断し、自ら、ジャムおじさん達のいるアンパンマン号の元に向かい、アンパンマンの新しい顔を受け取り、アンパンマンを助けると言う意外な一面を見せた。
この御陰でドキンちゃんはアンパンマンに無事救出される（このとき「バンザイキーン」と言って喜んでいた）。
アンパンマンは、自分を助けてくれたばいきんまんに感謝し、ジャムおじさん達も彼にお礼を言い、ドキンちゃんも自分を助けてくれたアンパンマンにお礼を言った。
ばいきんまんは、
「これぐらいの事で、アンパンマンと仲良くなると思うなよ」
と呟き、ドキンちゃんと共にUFOに乗って去って行ったが、その去り際にはまんざらでもないような笑顔を見せていた。
やっぱすきすぎる！
いい歳してばいきんまんて(笑)て思われるからいい加減ばいきん離れしなきゃとおもってたけどやっぱりすき！
いつになっても卒業できない
家出したかびが心配すぎてＵＦＯのって城を飛び出すばいきんとか、なんなら泣けるレベル！
ねえみんなちょっとほんとにばいきんの魅力に気付いて笑
