『男性用の小便器(？)やぼっとん、和式みたいに「蓋がない」ものは、
なにかお作法違うのでしょうか？
昔は和式ばかりだとおもいますが、そのころの風水では

「トイレの蓋」という概念はあったのでしょうか？？』

はい、お答えします

トイレの蓋のないものはしなくてOKです。
どんなものでも蓋のあるものは必ず閉めます。

昔、トイレは家の外にありました。

トイレはどこにあっても鬼門なので家には置かない、
もしくは家相を気にして建てられるお金持ちは
家の中でも端に作りました。

今は通常トイレは家の中、それも生活スペースにあります。
昔より気にする必要があるのでしょうね。

トイレの掃除は大事です。
蓋をすることはもっと大事ですよ。