その高校生の名前は工藤新一。1年前に両親の住むアメリカ・ロサンゼルスに向かうジェット機の中で起きた殺人事件を見事に解決して以来、警察も手を焼く次々と難事件を解決していき、「日本警察の救世主」と呼ばれる存在にまでになった。
 その工藤新一はある日、幼なじみで同級生の毛利蘭が空手の都大会で優勝したお祝いにとして連れて行った遊園地〈トロピカル・ランド〉で、黒ずくめの服装をした男が怪しげな行動をとっていたのを目撃してその後を追跡していく。するとその男は何と…拳銃密輸の証拠フィルムをタネにどこかの社長風の男を恐喝して1億円を超す大金をせしめている所だった!
 怪しい取引現場を目撃することとなった新一は、持っていたカメラで男たちのやり取りの一部始終を収めていたが…あまりに取引を見るのに夢中になり過ぎて、背後からもう一人の黒ずくめの男が鉄のバットを手に忍び寄っていることに気がつかなかった…!
 身構える間もなく新一はその男に背後から殴打され、それから男の所属する組織が開発したという毒薬を飲まされてしまいます。そして再び気がついてみると……何と新一の体が縮んでしまっていた!!!
 工藤新一が生きていると黒ずくめの男たちに知られれば、また命を狙われ周囲の人間たちにも危害が及びかねない…そう近所に住む天才発明家の阿笠博士の助言で自らの正体を隠すことにしたが、新一の家に蘭が現れ名前を聞かれる。
そして背後にあった推理作家の江戸川乱歩とコナン・ドイルの小説を見た新一は……とっさに「江戸川コナン」と名乗った!!!
 こうして江戸川コナンと名乗った新一は、黒ずくめの情報を集めるべく、蘭の父親で私立探偵の毛利小五郎の元に居候をすることとなり、阿笠博士の開発した発明品で体が小さくなったハンデを補いながらも、小五郎をはじめとする大人たちが遭遇した難事件を影で次々と解決していくのです。
 体は縮んでも頭脳は同じ、迷宮なしの名探偵。「真実はいつもひとつ!」