山科一帯は、古くからの歴史が息づく場所で、平安時代には山城国宇治郡山科郷として知られていました。縄文時代からの足跡が芝町遺跡や中臣遺跡から発掘され、万葉ロマンの世界をしのばせる鏡山・天智天皇陵などが今なお残ります。山科は平安時代から続く有名な社寺や、中世に広がった寺内町である山科本願寺跡などが歴史的な遺産として受け継がれています。
大石内蔵助が隠れ住んだとされ、赤穂義士にまつわる史跡が今も伝承されている山科は、毎年12月14日には「山科義士まつり」が盛大に開催され、多くの区民が参加して討ち入りなどが再現されます。このような歴史的な要素が、山科の豊かな歴史を象徴しています。