Q133)英文法ファイナル問題集(難関大学編)(桐原書店)の、48ページの412の問題です。
出典は立教大学になっています。
( ), he wondered, that after having known him for so many years he still could not understand Peter's recent behaviour?
① How come it
② How could it
③ How was it
④ How would it
答えは③で、疑問詞howを強める強調構文になっているのはわかるのですが、いくつか疑問があります。
1.he wonderedは主節の挿入ですね?
2.それでしたら、目的語はHow was it that after...になりますが、間接疑問になっていないのはなぜでしょうか?
3.さらに文尾に疑問符があるのはなぜでしょうか?
ジーニアス英和辞典には、次のようにあるだけで説明がありません。

I wonder why he gave a false name. =Why did he give a false name, I wonder? 彼はなぜ偽名を名乗ったのだろう《◆(1)I wonder は直接疑問文の文末に付加されることもある.

A) 「英語基本動詞辞典(普及版)」(小西友七著)(研究社出版)の1758ページの2. S wonder wh-[whether, if]...「S(人)が…かしらと思う」のNB9にこうあります。

I wonderは第2例(What is the explanation, I wonder, of this strange trait?この奇妙な癖は一体どういうわけなのでしょうか)のように文中にくることもあるが、次例のように直接疑問の型をとり文末にくることが多い。
Do you agree, I wonder?あなたも同意でしょうか?


さらにNB14にこうあります。

wh-節に代えて直接、疑問文を従えることがある。
I am wondering: Should I take that line of action?あのような行動をとるべきものなのでしょうか。


次に疑問符の点に関しては、英語語法大辞典Ⅰ(大修館)の1450ページの118. I wonder...?(疑問符について)にこうあります。

句読符号というものは、文の形式によってのみ決定されると考えてはなりません。多分に心理的なものがその決定の要因になるのですから。
(略)
お示しのような、I wonder+疑問詞節の文は、「…かしら」の疑念を表すのですから、ときどき文尾に疑問符があるのを見かけます。
I wonder if you knew a man called Red?レッドという名の男をご存知ではありませんでしたかしら。
 この疑問符の使用は、要するに、疑問節の内容に心理的な重点が置かれたことの反映であると申せましょう。次は上例のような疑問符を持った文の成立に至る過程を示す例とみられます。
Was I so different from Pyle, I wondered? 「おれはそんなにパイルとは違うのかしら」と思った。


wonderがもう一つやっかいなのは話法が絡む点です。
「現代英文法講義」(開拓社、安藤貞雄著)の715ページの33.3混合話法にこうあります。

この節では、直接話法と間接話法の混合された形式を考察する。大きく、三つのタイプに分けられる。
①A型:被伝達節が引用符に囲まれていることを除いて、その他の点では間接話法の特徴を有するもの。
②B型:語順は直接話法のままであるが、引用符に囲まれていないし、時制・人称の変化が起こっているもの。
③C型:引用符なしの直接話法。


さて、これを踏まえて整理してみましょう。ジーニアス英和辞典のwonderの2aにこうあります。

a [SV wh 節・句]<人が>…(したらよい[なの])だろうかと思う, …か知りたいと思う(ask oneself)《◆自問する言い方》;[直接話法で]「…」だろうかと思う∥She wondered how the meeting was going. 会議はどんなふうに進んでいるのかしらと彼女は思った《◆直接話法の She wondered,“How is the meeting going?”は She said (to herself), “How ...?”に相当》.

つまり、「会議はどんなふうに進んでいるのかしらと彼女は思った」は以下のようにいろいろな言い方が可能です。
(a1) She wondered how the meeting was going.(間接話法)
(a2) How the meeting was going, she wondered.(間接話法。主節が文尾に付加)
(a3) How, she wondered, the meeting was going.(間接話法。主節が文尾に付加)
(b1) She wondered,“How is the meeting going?”(直接話法)
(b2)“How is the meeting going?”she wondered.(直接話法。主節が文尾に付加)
(b3)“How," she wondered, "is the meeting going?” (直接話法。主節が挿入)
(c1) She wondered, how is the meeting going?”(混合話法C型)
(c2) How is the meeting going? she wondered. (混合話法C型。主節が文尾に付加)
(c3) How is the meeting going, she wondered? (混合話法C型。主節が文尾に付加)
(d1) She wondered how was the meeting going? (混合話法B型)
(d2) How was the meeting going? she wondered. (混合話法B型。主節が文尾に付加)
(d3) How was the meeting going, she wondered? (混合話法B型。主節が文尾に付加。疑問符が文尾)
(d4) How, she wondered, was the meeting going,? (混合話法B型。主節が文中に挿入)
以上13通りがあると思われます。まだ変種があるかもしれません。