鋼の錬金術師とは、幼き兄弟２人が病で死んでしまった母を錬金術で生き返らそうとするストーリー。兄弟愛、友達愛、友情愛等の美しいテーマを持ちつつ戦争による悲しさ、虚しさ、愚かさも教えてくれる哲学的な内容になっています。兄エドワード・エルリックと弟アルフォンス・エルリックは母を失った悲しみで元々父親が研究していた錬金術を使い母を生き返らそうとします。しかし、独学では限界がありました。そのある夜、災害により川の水が溢れ出て住んでいる村が沈みそうになった事件が起きました。その事件を解決してくれたのが後にエルリック兄弟の師匠となる人物でした。彼女の名はイズミ・カーティス、彼女の錬金術のおかげで村が沈む事は無く危機を避けることができました。
その力を自らの目で見ていたエルリック兄弟、翌朝イズミの元へいき弟子入りを申し出たのです。最初は断られましたが必死の願いが伝わりめでたく師弟関係に、兄弟は南で師匠の下で厳しい訓練を受け錬金術を学び故郷へ帰りました。帰ってきた兄弟は一回り成長し、人として、錬金術師として帰ってきたのです。エルリック兄弟は学んだ錬金術をさらに研究しついに人体錬成の方法を見つけたのです。さっそく人体錬成をし母を蘇らそうとしましたが失敗。兄は片腕を、弟は体全身を持っていかれました。兄は孤独を避けるためか近くにあった鎧に弟の魂を錬成し定着させたのです。これで弟は鎧の体となり兄は錬金術の基礎「等価交換」により片足を失いました。兄は片手片足が不便だからと近所の義肢装備師に頼みオートメイルをつける事にその姿から兄エドワードは「鋼の錬金術師」と呼ばれる事になりました。そして、兄弟は自分達のの体を元に戻す方法を見つけるために旅に出る事を決意し出発しました。