名人とコンピューターのMETISⅢとの将棋勝負。TV中継の釘付けの特命係。
しかし、勝負は名人が負けてしまい、とうとう最後は人間代表として7冠の時田名人が勝負することになった。

翌日、大学教授の安西義弘が死亡。彼は電脳将棋勝負の人工頭脳を開発した教授。後頭部を打ちつけて、状況から事故の可能性が高い。彼は蛍光灯を交換中に椅子を乗ったまま倒れたとみたが、右京さんは不自然な点と椅子の裏に蛍光灯の破片を見つけたことで現場が偽装された痕跡を発見する。

現場を検証中にさしかけの将棋盤を発見。また研究者たちの証言から人工頭脳の開発に将棋関係者もかかわっていたと聞く。

将棋会長の曾根崎会長を訪ねる捜査一課。犯行時刻はパーティに参加していたとアリバイを証言。また電脳戦も将棋連盟と人工知能開発ソサエティが共同開発したため、人工知能を恨むのは筋違いと言う。

時田名人を訪ねる、特命と捜査一課。アリバイ時刻は自宅にいた証言したためにアリバイはないが、掴みどころのない時田名人。
将棋会館に訪ねる特命係は時田名人の事を聞き、その後、棋士に昇格したときの冊子をみていたら時田名人と同時期に昇段した坂口彩子の名前を見つける。普通は女性は女流枠があるのに彼女は女流枠では無く、正式な棋士を目指していた。写真をみると彩子は大学にいた研究者だった。彩子を訪ねると両親が離婚してから将棋の世界から身を引き、大学で人工頭脳の開発に携わったという。

捜査一課が時田名人を取り調べる中に「1分だけ」と乱入した特命係。坂口の事を尋ねるとタイムオーバーを口実にはぐらかす。様子からみて坂口の事を知っている様子。なぜなら時田名人にとっても彩子は棋士になる昇段試験での最初の相手。因縁があってもおかしくない。
その後、将棋連盟より名人が拘束したことに対して抗議が入り、時田名人は釈放。

坂口彩子の同期だった将棋塾の講師を尋ねる特命係。その講師によると坂口が棋士になれなかったのは時田名人の仕業と証言。
棋士を目指していたころ、高校生だった彩子は将棋会館近くの喫茶店でアルバイトしていた。その時、山口という男と交際していた彩子だったが、時田名人との対局中に山口から別れ話のメールが送られ、そのショックのあまり動揺したためにずるずると負けてしまったという。その数年後、偶然、再会した山口と彩子。山口から当時の喫茶店のマスターから別れ話をするように言われ、さらにそのマスターも時田名人に頼まれたからという。つまり、彩子は時田の罠によって敗北したので、そのリベンジを電脳戦で行うつもりなのだという。

再び、彩子を訪ねる特命係。電脳戦が正式が開催されることが決定され張り切っている中、過去の経緯を尋ねる。しかし話をはぐらかす彩子は電脳戦と過去の対局は無関係と証言する。彩子が部屋を出て行った後、こっそり忍び込んだ右京さん。部屋にあった亡くなった安西教授の研究機器にシールの有るものと無いものがあることに気が付く。シールの有るものは大学の研究費から出された備品。シールのないものは安西教授の自費で購入したもの。しかし、機器は大量にあり、かなりの高額に。この費用はどこから・・・。

現場のソファーにあった粉が、曾根崎会長の写真の後ろに写っていた花の花粉と一致。
曾根崎会長に問い詰めると現場に行った事を認め、さらに右京さんから安西教授から人工頭脳研究費を援助を条件に電脳戦を時田名人を勝たせる裏取引をしていたのではと追及する。八百長を持ちかけられた事は認めるも、曾根崎会長は八百長を拒否したという。

電脳戦当日。METISⅢと対局する時田名人。両者、実力伯仲するも、最後はとうとう時田名人が勝利する。
落ち込む彩子の元を尋ねる特命係。そこで右京さんから彩子が安西教授の殺害したという。

安西教授の部屋にあった指しかけの将棋盤。実は八百長を拒否した時、曾根崎教授が駒を一つ動かしていた。しかし現場にあった将棋盤は動かしていなかった。つまり、事件が起きた時に将棋盤を元に戻した人物がいる。それが出来るのは将棋に精通した人物。彩子。動機は時田名人へのリベンジを考えていたのに、わざと負けようとした安西が許せなかった。八百長を表沙汰にすると言われ、もつれた際に安西は死んでしまった。

しかし、彩子もMETISⅢは時田名人に負けたわけでないと言う。なぜなら、対局中の48手目。彩子はMETISⅢの指した手を無視して、自分の一手を指したのだった。その為に、敗北してしまったのだと言う。

そこで、右京さんもある事実を伝えます。
彩子の元カレから別れ話を切り出すようにマスターの頼んだのは時田名人だったが、実は山口は彩子と別の女の人とも付き合っていて、彩子には将棋に専念して欲しかったのだった。マスターもそれを知った上で山口に別れ話をするように伝えたのだった。さらに別れ話を言うのは時田名人との対局が終わった後の予定だったが、対局が接戦したために翌日まで延長したのを知らずに、対局中に山口が別れ話のメールを送ったのだった。

時田名人も実は彩子の棋風が好きだったので、共に将棋界を歩んでいきたいと思っていた。さらに時田名人も電脳戦の彩子の一手にも気づいていたのだった。