①聖杯戦争のはじまり
かつて、すべての魔術師にとっての悲願である「根源へ至る」という願いを叶えるため、第３魔法”ヘブンズ・フィール（天の杯）”を実行しようとした者たちがいた。アインツベルン、遠坂、間桐（マキリ）の三家は、それぞれが得意とする技術を持ち寄り、聖杯を降霊することで、その膨大な魔力を使って奇跡を起こそうと考えた。アインツベルンはホムンクルス製造に長けており、その技術で聖杯を降霊するための器を作った。器は大聖杯と小聖杯に別れており、魔力を貯蔵するための大聖杯はユスティーツァ・リズライヒ・フォン・アインツベルンという女性が、柳洞寺の地下大空洞に、魔方陣によって形成している。小聖杯は聖杯戦争のたびに作られ、zeroではアイリスフィール、stay nightではイリヤスフィールがこれにあたる。 遠坂家は冬木の土地を提供し、また魔力の変換技術で聖杯を願望器たらしめた。 間桐家は束縛を得意としていたため、”令呪”のシステムを担当した。
すべては順調にいき、聖杯は彼らの目の前に現れたものの、願いを叶えられるのは１人だけと分かった途端、殺し合いがはじまった。そうこうしてる間に聖杯は消えてしまったが、システムだけは残り、「７組の魔術師と英霊が殺し合い、勝ち残った１組の願いが叶えられる」聖杯戦争がはじまった。
②聖杯の歪み
第３次聖杯戦争にて、シビレを切らしたアインツベルン家は、本来呼び出してはいけないはずのクラス・アヴェンジャーを召喚してしまう。アヴェンジャーの正体はゾロアスター教の魔王”アンリ・マユ”。すさまじい強さで圧倒するかと思いきや、呼び出されたサーヴァントは、かつて人々の「悪」をすべて背負えと願われた人柱の、ただの青年であった。宝具すら持ち合わせない彼は、当然初戦敗退したが、願望器である聖杯は、「悪であれ」と望まれた彼自身を”願い”と判断し、誤作動を起こしてしまう。これによりアヴェンジャーは聖杯の中で「この世すべての悪」としての力を与えられ、聖杯自体も、歪んだ形でしか願いを叶えられない不完全な存在になってしまう。
つまり、聖杯はアインツベルンがルール違反をしたせいで、歪んだ存在となってしまいました。すなわち、「争いの無い世界」にするために、「争いを起こす人類そのものを滅ぼす」ような存在にです。それを知ってか、切嗣は聖杯を破壊しようとしたのですね。