ヘルボーイの２作目！
今度の敵は無敵のゴールデンアーミー軍団とそれを操るエルフ
昔人間と争いをしていたエルフは苦戦し機械仕掛けの軍隊ゴールデンアーミーを作り出す。
その力に人間達なすすべなく虐殺されてしまう。
あまりの非道さにエルフはゴールデンアーミーを封印しアーミーを操る王冠を３つに分け人間に１つとエルフに２つに分け休戦協定を結んだ。
時は現代エルフの王子は人間との戦いをしようとゴールデンアーミーの復活をしようと企む。
超常現象捜査防衛局のヘルボーイと念動発火能力を持つリズと水槽人間エイブと共にエルフを止める為出動するのだった。