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伊弉諾命（イザナギのミコト）・伊弉冉命（イザナミのミコト）を主祭神として菊理媛命（キクリヒメのミコト）を合祀する。当社が鎮座する丘が両神による国産み・神産みの舞台となった自凝島であると伝えている。このことから縁結びや安産などの御利益があるといわれる。
高さ21.7メートルの大きな鳥居がランドマークとなっている。この鳥居は平安神宮及び厳島神社と並び「日本三大鳥居」の一つに数えられる。
難読であるため境内の石標・案内板や周辺道路の道路標識、道路地図などでは、もっぱらおのころ島神社という表記が用いられている。なお磤馭盧島神社という表記もあるが、これはほとんど使われていない。
当社西側を流れる三原川には朱色の欄干の「おのころ橋」がかかっている。
イザナギノミコト（男神）とイザナミノミコト（女神）が、国生みの際に、「天浮橋（あまのうきはし：天と地を結ぶ宙へ浮く橋。神はこの橋を渡って地へ降りるとされる[2]。）」に立ち、天の沼矛（ぬぼこ）をまだ何も出来ていない海原に下ろし、「こをろこをろ」とかき回し矛を持ち上げると、滴り落ちた潮が積もり重なって島となった[3]。これがオノゴロ島である[3]。
オノゴロ島に降りた2神は「天の御柱（みはしら）」と「八尋殿（やひろどの：広大な殿舎）」を見立て、[4]イザナギノミコトは左回りにイザナミノミコトは右回りに天の御柱を巡り、出会った所で相手の魅力を褒めあい、この島で成婚する[5]。【ウェブの説明】
このシーンも神話上@重要です
エピソード:社務所でクラッシック音楽が流れていた