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交野市の南端、天野川の渓谷沿いにあり、「天の磐船」（あめのいわふね）とよばれる天野川を跨ぐように横たわる高さ約12メートル・長さ約12メートルの舟形巨岩を御神体としている。 本殿はなく、巨岩の前に小さな拝殿があり、南側（上流）に社務所がある。
神社の起源は不明であるが、天照国照彦天火明奇玉神饒速日尊（あまてるくにてるひこあめのほあかりくしたまにぎはやひのみこと = 饒速日命）が天の磐船に乗って河内国河上の哮ヶ峯（たけるがみね）に降臨されたとの伝承が先代旧事本紀にもある。 交野に勢力を保っていた肩野物部氏という物部氏傍系一族の氏神であり、一族が深く関わっていたといわれている。 中世以降は、山岳信仰や住吉信仰の影響を受け、現在も境内には垂迹神の住吉大神の四体が連なる本地仏の石仏や不動明王石仏を初め神仏習合の影響が色濃く残されている。
1987年（昭和62年）には、伴林光平による二首の歌碑が伴林光平先生崇敬会により奉納され、一首は獄中で詠まれた辞世の句である「梶を無み乗りて遁れん世なられば 岩船山も甲斐なかりけり」で、もう一首は『奇国祝』と題され「神国はいわほとなりてうごかねばよせてはかえす沖の白波」とあり、同年の12月17日に当時の住吉大社宮司西木泰の揮毫によって境内の巨石の裏に建立された。
神社のすぐ横を磐船街道が通っている。 かつては国道168号線の一部であり、大阪府交野市と奈良県生駒市の県境近くに位置する神社付近では道路幅が狭く、すれ違い渋滞の名所だった。川幅も巨岩が跨ぐほど狭く、過去にはたび重なる天野川の氾濫により、社殿・宝物などの流失が続き、防災上のネックとなっていた。1997年（平成9年）に道路改良工事と河川防災工事が竣工し、磐船神社に入る手前で道路と河川がバイパスされ、道路は新磐船トンネルを、河川は天野川トンネルをくぐることとなった。現在では路線バスや付近の住民などを除き大半の車がバイパスを通行している。
［ウェブの説明］
『饒速日命(ニギハヤヒ)』と知る人ぞ知る『瀬織津姫(セオリツヒメ)』は謎多き神様である。タロットカードでも2柱バージョンがあるようだ
伝説『ホツマツタヱ』では〘太陽神≡男性神≡ニギハヤヒ〙との逸話も…
あまり深堀するとアマテラス様との考察齟齬が生じるのでオブラートに包んでおきまする〜