ほぼ同じ機能のserver.xmlというのもありますが
今ではアプリケーション毎に作れるcontext.xmlが
推奨されています。
ファイル内でも重要な箇所は以下の場所です。
workDir="/home/admin/workspace/sample/work">
Contextタグの部分がアプリケーションの関連付けをしている部分。
pathがコンテキストパスと呼ばれるアプリケーションのパスです。
docBaseはコンテキストパスの実体の位置を指します。
workDirは一時作業用のディレクトリ位置です。
Contextタグでの関連付けは対象がwebappsの下にある場合は
省略できます。
上記例の場合、http://サーバ名/sampleとブラウザから指定された場合に
/home/admin/workspace/sample以下のファイルを表示します。
この部分が間違っていると当然、URL指定された場合に
正しく表示できません。
これで今まで使っていたTomcatプラグインの画面も
理解ができると思います。
画面の「コンテキスト名」はコンテキストパスです。
また、画面の「コンテキスト定義の更新を可能にする」という
チェックをＯＮにする事でeclipseで作成したアプリケーションが
自動的にcontext.xml内に登録されます。