前回に引き続き運用についてお伝えしよう。
御殿場線
東海道本線東京口用の111系・113系の配置区所の1つとなった静岡運転所は、後に静岡地区のローカル輸送が中心となり、111系が国鉄末期まで残っていた。国鉄時代には113系により大井川鐵道へ直通する臨時列車も運転されていた。
1977年3月より、東海道線静岡地区への113系0'番台の投入で80系が置き換えられ、80系の東京駅への乗り入れも終了となった。
1984年2月のダイヤ改正では、地方都市圏のシティ電車が推進された。静岡都市圏では「するがシャトル」の愛称が付与され、当初は113系にヘッドマークが掲出されて運用された。
国鉄分割民営化後は、東海道本線のJR東海区間を約6時間で走破する「米原発熱海行き」の定期普通列車も設定された
T100編成は、東海道本線東京口で付属編成として、また伊東線・伊豆急行線内の普通列車として使用された。早朝にあったJR東海車での単独運用である東京発静岡行1本を除き、JR東日本の基本編成と併結して東京駅まで乗り入れていた。
2003年のゴールデンウィ－クには、臨時普通列車（大垣夜行）として8両編成で東京・品川- 大垣間を営業運転した。
2004年10月のダイヤ改正では、JR東日本のE231系の新製によって余剰となった113系基本編成を4両に組み替えの上でT100編成を置き換えている。この改正と同時に211系を含めて沼津 - 島田間からグリーン車連結編成による運用が消滅した。
2005年の愛知万博開催時は、万博輸送のために211系の大半が神領に転属または貸し出ししたため、一時的に113系の運用は大幅に増えた。また、静岡所属の一部の113系も神領に応援に入った。
JR東海時代の最末期には、静岡車両区の113系は東海道線（熱海 - 豊橋間）と御殿場線（御殿場 - 沼津間）で運用されており、4両編成1本（4両）と3両編成2本（6両）の計10両が在籍していた。
最後までオリジナルの113系が多く残っていた地区だったが、2006年10月から大垣車両区より転属された211系5000番台や新たに投入された313系により順次置き換えが行われ、2007年3月17日を最後に定期運用を終了した。同年12月末ごろ、最後まで残っていた4両編成1本（L21編成）が廃車となった。T100編成（旧T編成）は2005年10月から廃車が始まり、2007年5月に全車が廃車となった。
中央本線では1973年7月の
のダイヤ改正で中津川 - 塩尻間が電化され、中央西線の全線が電化された。名古屋- 中津川間の快速列車に113系を投入し、捻出された80系などが中津川駅 - 長野間の普通列車に転用された。1978年からは70系電車の置き換え用として2000番台が新製投入された。配置は神領電車区（現在の神領車両区）である。
1978年7月より中央西線の普通列車と岡多線（後の愛知環状鉄道線）に2000番台が投入され、両線区の70系が置き換えられた。中央西線と信越地区に残存していた80系は、113系2000番台と115系1000番台の新製投入により置き換えられ、1980年3月に両地区での営業運転を終了した。
1982年7月の関西本線名古屋- 亀山の電化に伴い、1982年3月に113系2000番台が投入された。この亀山電化用の2000番台の増備をもって、113系普通車の新造は終了となった。
最末期には2000番台の6両編成3本（18両）と4両編成1本（4両）の計22両が在籍しており、名古屋 - 中津川間でラッシュ時を中心に使用されたが、2006年11月10日をもって定期運用を終了し、313系増備車に置き換えられた。その後は臨時列車としての運用のみで行われていたが、2007年11月に最後まで残っていた4両編成1本（N4編成）が廃車となった。
神領電車区の113系は、2001年夏に臨時列車として東海道本線の品川 - 大垣間を営業運転した経歴がある。ATS-P形を装備しない車両であったが、JR東日本管内では併設しているATS-SN形を使用して運行された。
東海道本線名古屋口
東海道本線の名古屋口には1977年より京阪神地区の113系0番台が転入しており、従来の80系電車の置き換えが開始された。配置は大垣電車区である。1978年3月よりシートピッチ拡大車の113系2000番台が新製投入され、同地区の新性能化が完了した。東海道線静岡・名古屋地区の80系は消滅し、全金属車の300番台が飯田線に転用された。
1986年11月のダイヤ改正では、東海道線名古屋地区に211系と117系100番台が投入され、同地区で使用されていた111系が廃車となった。
東海道本線（米原 - 静岡間）での運用が中心で、中央本線はラッシュ時のみ入線した。1999年のダイヤ改正において313系の投入が開始されたのに伴い、大垣車両区の113系は神領車両区に転属となった。