「出島」は、徳川幕府の命により築造された人工の島で、1636（寛永23）年に築造され、はじめはポルトガル人が居住、のちにオランダ商館が置かれ、以後約200年間、日本で唯一西洋に開かれていた貿易の窓口となった。
1866（慶應2）年に居留地となった出島は、次第に周囲が埋め立てられ、1904（明治37）年の港湾改良工事で周囲の埋め立てが進み、独特な扇型の島は姿を消してしまった。その後1951（昭和26）年に、出島の復元整備事業がスタート。50年以上の歳月をかけ、史跡の部分を公有化し、発掘調査を経て2000年以降、順次建物の復元が進行した。
現在までに16棟の建物や景観が復元され、オランダ商館長の事務所兼住居だったカピタン部屋などの復元建造物と、明治期の洋館を合わせた建物をミュージアムとして公開。当時の生活を再現した部屋や、発掘調査で出土した資料の展示などを見ることができ、19世紀初頭の出島にタイムスリップしたかのような雰囲気が味わえる。
明治時代から残る洋館で食事ができるレストラン、着付けもしてくれる着物レンタル、侍の格好をしたスタッフによるツアーなどの体験メニューも用意されている。