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個人的にはアナログ整理が先でもデジタル整理が先でもどちらでも良いと思います。私はある程度アナログ整理をしたらデジタル（電子化）に一度うつります。デジタル整理のやり方はここでは割愛するとして（別のリンクを貼りますのでよければご訪問ください）、アナログとデジタル両方で資料整理する意義を私なりに考えました。
よくありがちなのは、デジタルはサーバーがダウンしたりコンピューターの故障やUSBの破損などなにかしらトラブルを想定しておかないといけないと思っています。案外「紙」より慎重に扱わないとダメにしてしまうこともあるからです。まあでも、慎重に扱っていてもダウンしてしまうときもありますけどね。そういうときにアナログでも保管保存しておくと助かります。
あと、これは学者さんだからなのか、うちのボスに執筆物が多いからなのかわからないのですが、過去のご自身の執筆物を見たいと思った時、アナログとデジタルのどちらでも対応できると便利なのです。外にいるときは携帯やパソコンでデジタルで見るほうが便利ですし、研究室やご自宅ならどちらでも好きな方でみれます。書き込みたいときは印刷（コピー）するので、そのときの状況や気分でアナログかデジタルどちらからでも印刷（コピー）することができると便利です。もちろんアイパッドなどに書き込むこともできますが、紙のほうが印刷して数枚手元に並べて見ることができます。
デジタル資料とアナログ資料に共通の「目印」などをつけておくことでお互いに発見されやすくなります。あと、画面上でファイルの位置を定位置にすることはできます。そして、「誰もが使えるようにしておく」のも仕分けの仕方で可能です。アナログ資料同様、デジタル資料もパッと見てわかりやすい状態にしておくことが大切です。
どちらの資料の整理も手間もかかりますし集中するので頭も疲労しますが、そのひと手間でいざ使う時に本当に楽なのです。
ひと手間かけた料理、それができあがりを変える、と聞いたことがあります。資料整理もまさに同じだと思います。