管制官が2機を同時に滑走路に進入させたこと。
KLM機が「管制承認」を「離陸許可」と誤認して離陸滑走を行ったこと。
パンナム機が指示された C3出口で滑走路を出なかったこと。
KLM副操縦士および管制官が標準でない用語（ "We're at take off" と "O.K." ）を交信に使用したこと。
押しつぶしたような無線音声、ヘテロダイン現象が起こった事により、それぞれに誤解が生じた（まったく同時に管制官とパンナム機両方が送信を行い、それゆえ交信音声が打ち消し合いKLM機には聞こえなかった）。
パンナム機機長が「まだ滑走路にいる」と報告したとき、KLM機長はそれを機関士が進言したにもかかわらず離陸を中断しなかったこと。
KLM機は燃料を補給して重くなっていたこと（補給をしていなければギリギリの線でパンナム機をかわせていた可能性もあった）。
これ以外にボイスレコーダーには、管制塔からの送信音声のバックにサッカー試合のテレビ放送の音声がはっきり混じっていたが、スペイン側事故調査報告書ではなぜか一切触れられていない。しかし、オランダ側の事故調査報告書で指摘されている。スペインの管制官は管制塔内で管制中にサッカー試合を視聴しただけでなく、サッカー試合に気を取られ管制がおろそかになった可能性があると事故原因の因果関係があると推測されている。ファン・ザンテン機長はKLMでも最上級の操縦士で、747操縦のチーフトレーナーでもあり、KLMに所属するほとんどの747機長 / 副操縦士は彼から訓練を受けており、事故当日のKLM機内誌の広告には彼の写真が掲載されていた程の人物であった。彼は6年間フライト・シミュレーターで新人パイロットを訓練する担当者になっており、その間は月平均21時間しか飛行しておらず、またこの日の飛行前12週間は1度も飛んでいない。これらの事から、シミュレーターの中のすべての役割（管制官を含む）を行ってきた結果、全ての権限は彼の掌（てのひら）にあると錯覚するようになり（トレーニング症候群）、それが彼が管制官の指示を問いたださなかった理由ではないかと示唆する専門家もいる[5]。
クルーの職務時間の超過に関するオランダの規則があるため、ファン・ザンテン機長は遅れたフライトを急いで再開しなければならないと考えていた可能性がある。
悪化する一方の気象条件（濃霧）は視程不良による滑走路閉鎖の可能性が高く、一刻も早く離陸しないとロスロデオスに留まらざるを得なくなる。その際の乗客の宿泊代などのKLMの金銭負担が増える結果になることをクルーはわかっていた。加えて、それまで散々待たせたパンナム機まで巻き添えにして離陸できなくなるのは気の毒だとの配慮と、それによる焦りも指摘されている。
