大阪の西由恵税理士事務所です。
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消費税のインボイス制度の改正により、2026年10月1日から「仕入税額控除の経過措置の控除額」が変更となります。
免税事業者（インボイス未登録の事業者）から仕入れをすると、本来はその分の消費税を一切控除できなくなるのですが、経過措置として、一定期間・一定割合で仕入した事業者側に消費税の「仕入控除」が適用できる制度です。
＜経過期間・控除割合＞
2026年9月30日まで 控除割合80%
2026年10月〜2028年9月 控除割合70%
2028年10月〜2030年9月 控除割合50%
2030年10月〜2031年9月 控除割合30%
例えば、免税事業者から11万円（税込）で仕入れをしたとします。このうち消費税相当額は1万円です。
- 2026年10月以降なら：1万円×70% = 7,000円だけ控除できる（残り3,000円は控除できず、実質的にコストになる）
- 2030年10月以降なら：1万円×30% = 3,000円だけ控除できる
このように、時間が経つほど「免税事業者と取引するコスト」が増えていく仕組みになっています。
＜対策の準備＞
1. 仕入側（インボイス発行事業者からの仕入れが少ない事業者）の対策
① 取引先の適格請求書発行事業者化を促す
免税事業者である仕入先・外注先に対し、インボイス登録の有無を改めて確認しましょう。登録を検討してもらえるよう、交渉するのが現実的です。
② 簡易課税制度への切り替え検討
簡易課税は仕入側のインボイス保存を要件としないため、免税事業者からの仕入れが多い業種（一人親方への外注が多い建設業など）では、控除率低下の影響を受けにくくなります。基準期間の課税売上高5,000万円以下であることが前提となり、切り替えには事前届出が必要なため、期首前のシミュレーションが重要です。
③ 区分経理の体制整備
適格請求書発行事業者からの仕入れと、そうでない仕入れを帳簿上で明確に区分できる体制（会計ソフトの仕入先マスタ整備、コード管理等）が引き続き必須です。控除率が段階的に下がる分、区分誤りによる納税額への影響も大きくなるため、経理担当者への周知を強化しておきましょう。
④ 価格交渉・取引条件の見直し
免税事業者からの仕入れについて、控除できない消費税相当額をどちらが負担するか（本体価格の見直し、消費税相当額の減額交渉等）を取引先と協議します。ただし、独占禁止法・下請法上、一方的な価格引き下げの強要は問題となり得るため、あくまで双方合意のうえでの対応が前提です。
2. 仕入先（免税事業者・小規模事業者）側への助言
インボイス登録により失う「益税」メリットと、登録しないことで取引先から敬遠されるリスクを比較検討する必要があります。2027年分・2028年分は「3割特例」（個人事業者のみ）が使えるため、登録後の負担増が限定的である旨を説明できます。主要取引先が本則課税の大口事業者かどうかによって、登録の必要性は大きく変わってきます。
3. 「1億円基準」への引き下げへの対応
経過措置の適用対象外となる基準が年間10億円から1億円に引き下げられることで、これまで対象外だった中堅規模の事業者にも影響が及ぶ可能性があります。該当しそうな事業者は早めに試算し、基準超過の見込みがあれば仕入先の見直しを前倒しで検討することをおすすめします。
4. 経理・システム面の準備
会計ソフトの控除率設定（70%→50%→30%）は2026年10月、2028年10月、2030年10月と切り替わっていきます。システムの自動更新対応状況を事前に確認し、決算期をまたぐ取引先には適用時期のズレについても注意喚起しておくとよいでしょう。
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