基礎研究者のブログ

医学・生物学系の研究者のブログです。2012年9月からアメリカのニューヨークで仕事をしています。近況報告がてら、仕事、育児について書いています。


テーマ:
仕事上、Rという統計ソフトを使っています。いつの間にか古くなっていたようで、新しいパッケージをインストールしたら動作してくれませんでした。そこでアップデートしたわけですが、意外とややこしかったのでメモ。といっても、数年後にはまた変わっているのかもしれないけど。


1) 自分がインストールしたライブラリの確認
> Library()
#自分の持ってるライブラリのリストを見れる。大事なのは、ライブラリが入ってるディレクトリの場所の確認
# example:
# /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library


2) R 3.2.0 for Mac のインストール
http://cran.r-project.org/bin/macosx/
R-3.2.0.pkg をダウンロード
ダブルクリックしたら、あとは普通にインストールできる。

3) 旧バージョンで使ってたライブラリのパッケージたちを、新バージョンのライブラリに一括インストール
> libs.name <- list.files(path = "/PATH-to-旧Rのライブラリーのディレクトリ")
> install.packages(libs.name)
#一括インストール。時間かかる、、。

4) 念のため、ライブラリの一括アップデート #この操作は、不要でした。
> update.packages() #一括アプデート。
# update.packages(ask=FALSE) 逐一 y/n と答えるのが面倒なのでこちらが良い気がするけど、以前、エラーが出てしまった。原因不明。


5) 旧ライブラリの削除
これはまだ試してない。
でも、たぶん削除します。


上記の事くらい、デフォルトでやってもらいたいですよね。
Rそのもののアップデートくらい、コマンドライン1行で実行させてほしかった。。

=5/23 追記=
同じ操作をMacBook Pro でおこない、パッケージのインストールをしたら以下のエラーメッセージが:
Warning message:
In doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler) :
  unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Resources/modules//R_X11.so':
  dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Resources/modules//R_X11.so, 6): Library not loaded: /opt/X11/lib/libSM.6.dylib
  Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Resources/modules//R_X11.so
  Reason: image not found
どうやら、XQuartz が入ってなかったようです。
以下のサイトで 
XQuartz-2.7.7.dmg をダウンロード&インストールしたら解決。
http://xquartz.macosforge.org/landing/
いやはや。。



=5/26 追記=
ショックな発見。なんと、エクセルからのコピペに活躍していた scan("clipboard") が使えなくなってしまいました。どうやら元々、Win/Linuxでしか使えないはずらしいです。なぜ今まで使えていたんでしょうね。。
とにもかくにも、Macでは以下のようになります。
scan(pipe("pbpaste")) #pbというのは、paste board だそうな。
ちょっと面倒くさいですが、仕方ないですね。


参考URL:
R for Mac OS X (http://cran.r-project.org/bin/macosx/)
サボタージュ禁止のおさぼり日記 (http://aaaazzzz036.hatenablog.com/entry/2013/04/05/205309)










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