私大編はコチラまで。
(浪人時は国公立を受けてないので、私大・センター試験の特別措置についてまでしか知りません。ごめんなさい。)
私大の手順とは少し異なります。こっちの方が楽かも...。
1.センター試験の受験案内の中の「受験特別措置」というペー ジを見つける(2013年度版だとP13)。

2.ページに書いてある指示に従って申請。期限は10月中旬。
→1.「受験特別措置案内」を郵便で請求orセンター試験のホー ムページからコピーして入手する。
2.必要事項を記入し病院で発行してもらった診断書を添え、 申請する。
※私大(一般試験)での特別申請を申し込む方は出願前申請(2013年度版では8月1日~9月28日が期限)をすることをオススメします。
私大への特別申請についての書類を提出する期限が12月上旬頃なのですが、その時に、センター試験での特別措置を申し込んでいる方はセンター試験本部から送られてくる「受験特別措置決定通知書」のコピーも送らなければいけません(多分ほとんどの大学で)。
しかし出願時に申請をすると、その通知書が届くのが12月下旬頃(記憶が曖昧...)となり通知書のコピーは後から発送することとなります。が、出願前申請を行うと11月上旬(記憶曖昧...)には通知書が届くので一気に送る事が出来ます。
切手代も手間も余計にかかるので、一気に片付けたい方には「出願前申請」がオススメです。
3.「特別措置決定通知書」を受け取り申請内容に誤りが無いか 確認する。

詳しくは「大学入試センター試験受験案内」まで(^_^)