４条では、国の機関等に対する処分等の適用除外について規定されています。
行政機関等に対して行う処分等
処分については、行政手続法が一般国民の権利利益の保護を目的としていることから、国や地方公共団体がその固有の資格において処分の相手方となる場合には、国民と同様に取り扱うことは適当でないため、適用除外とされています。
「固有の資格」とは、「国の機関」や「地方公共団体」などの一般私人が立ち得ないような立場で、という意味です。
たとえば、「地方公共団体」が鉄道事業を営む場合は、「地方公共団体」という特別の立場ではなく、一般私人と同じ立場で行うので、その事業における国土交通大臣の処分については、行政手続法が適用されます。
特殊法人・認可法人、指定機関に対する処分
NTTなどの「特殊法人」や、行政書士会などの「認可法人」は、行政代行的な業務を行っていますので、国や公共団体に準じて取り扱うことが適当とされています。
そのため、行政手続法２章、３章の規定（申請に対する処分、不利益処分）の適用が除外されています。
ただし、これらの法人の解散を命じる場合や設立許可を取消す場合、及びこれらの法人の役員や業務に従事する者を解任する場合には、行政手続法の規定が適用されます。これらの場合は、単なる監督にとどまらず、地位そのものを奪うものとなるからです。
行政上の事務を代行して行う指定機関についても同様です。
行政指導の適用除外について
行政指導については、国や地方公共団体に対しては、固有の資格において相手方となるものかどうかの区分が困難であること等から適用除外とされています。
他方、特殊法人や指定機関などについては、行政指導がこれらの特別の法人との特別な監督関係に基づいて行われるものではないことから行政手続法の規定を適用することとされています。
第６章の適用除外（意見公募手続）
・国・地方公共団体の機関の設置その他の組織について定める命令等
・皇室典範26条の皇統譜に関する命令等
・公務員の礼式、制服、研修や報償、競争試験について定める命令等
・国・地方公共団体の予算・決算・会計について定める命令等
（入札の参加者資格、入札保証金などに関する命令等を除く。）
・会計検査にについて定める命令等
・国・地方公共団体の機関の相互の関係について定める命令等
・特殊法人・認可法人の組織、運営及び管理について定める命令等
（これらの法人の解散や、設立に関する認可を取消す処分等を除く）
・法律の施行期日について定める政令
・恩赦に関する命令
・命令又は規則を定める行為が処分に該当する場合における当該命令又は規則
・法律の規定に基づき施設、区間、地域その他これらに類するものを指定する命令又は規則
・公務員の給与、勤務時間その他の勤務条件について定める命令等
・審査基準、処分基準又は行政指導指針であって、法令の規定により若しくは慣行として、又は命令等を定める機関の判断により公にされるもの以外のもの