４月24日、厚生労働省のデータベースに、「就業規則の本社一括届出について」（令和７年３月28日基発0328第９号）、「時間外労働・休日労働に関する協定の本社一括届出について」（令和７年３月28日基発0328第８号）、「一年単位の変形労働時間制に関する協定の本社一括届出について」（令和７年３月28日基発0328第７号）が掲載されました。
これらは、令和７年３月31日から適用されています。
内容は、複数事業場を有する企業において、下記によりいわゆる本社機能を有する事業場（以下、「本社」という）の使用者から、本社および当該企業の本社以外の事業場に係る協定について一括して届出が行われた場合には、各事業場の所轄署長に届出がなされたものとして取り扱うというものです。
【就業規則・36協定】
●書面またはCD-ROM等の電磁的記録媒体による届出を行う場合
●e-Govから電子申請を行う場合
●労働条件ポータルサイト「確かめよう 労働条件」から電子申請を行う場合
【一年単位の変形労働時間制に関する協定】
●e-Govから電子申請を行う場合
●労働条件ポータルサイト「確かめよう 労働条件」から電子申請を行う場合
これらの届出に関する「確かめよう 労働条件」からの電子申請について、リーフレット（令和７年３月作成）では、次のようにメリットを挙げています。
●内容の異なる協定等の一括届出機能がある
→ 協定等の内容が同一の事業場ごとにまとめて届出作業を行うことができ、また、作成した数種類の内容の異なる届出を一括して届け出ることができる（e-Gov電子申請では、協定等の内容が本社と異なる場合、事業場の数だけ別々に届出作業を行う必要あり）
●本社一括届出のＣＳＶファイル自動作成機能がある
→ ポータルサイト上で入力した内容をもとに自動的にＣＳＶファイルが作成・添付される（e-Gov電子申請では、「対象事業場一覧作成ツール」を用いて作成したＣＳＶファイルを添付する必要あり）
●届出先の労働基準監督署の自動選択機能がある
→ 事業場の所在地情報を入力するだけで所轄労働基準監督署が自動選択され、届出先誤りを防止することができる（e-Gov電子申請では、事業場の所轄労働基準監督署を検索して届出先を確認する必要あり）
●次回届出時のリマインド・複写機能がある
→ 36協定届と一年単位の変形労働時間制に関する協定届は、協定の有効期間満了30日前に登録されたメールアドレス宛てにリマインドメールが送信され、前回届出時の内容を複写して初期表示し、変更点のみ修正して届け出ることができる（e-Gov電子申請では、次回届出時には一から届出作業を行う必要あり）