「水抜き金物はあまり機能しなかったようです」

スチール製の天窓のと防水の取り合いが錆によって腐食していました。結露水が外部にうまく排出されていなかった結果です。
部材内に溜まった結露水は水抜き穴から排出されるはずでしたが実際は下部部材を腐食させるだけでした。
腐食した部材は膨張し、付近の防水層に亀裂を生じさせそこから雨が浸入することになっていました。

解決策は主に二つです。一つは結露水をどこからでも排出できる構造にすること。もう一つは結露自体を発生させない工夫をすること。もしくはその両方です。
しかし、既にある納まりを理想の形に変えることには限界があります。そういった制約の中で有効な手段を講じなくてはなりません。