第2楽章
98小節他 例によって3音スラー以外に前2音、後ろ2音だけのスラーが混在しています。3音括りが一番無難でしょう。
138小節他 ここのスラーも3音と前2音の混在状況です。3音括りが妥当でしょう。

第3楽章は装飾を入れ込んでみました。参考になりますでしょうか?

http://aeolianconsort.chakin.com/Telemann.htm#Sonates_a_2Fl_TWV40_101_106_Telemann