2とは違い、カップが上がっても技が変わるだけでポケモンは変わらない。ルールは第2回ポケモントーナメントのルールに準じて、このゲームに登場するポケモンのうちLv.1～30トーナメントに出場可能な33体が出場する。
ポケモンスタジアムシリーズ最弱の名は初代からで、このゲームで1番弱めに設定されたトレーナー。虫、草タイプ対策の炎のほか、ピカチュウ、メタモン対策に地震を覚えたポケモンがいると良い。
バトル2 火事場泥棒
泥棒なんぞがポケモントーナメントに出場する権利があるのだろうか？そんなことは気にせずに。炎、地面タイプが多いので水タイプを中心に、カビゴン、ガルーラ対策のエスパータイプを補強する。
バトル3 鳥使い
鳥使いのくせして鳥を2匹しか使わない。名前負けである。鳥のほか、ダグトリオ、ゴローニャ対策に氷、シャワーズと鳥対策に電気、オコリザル対策のエスパータイプで十分だ。
バトル4 ガールスカウト
これまでとは違うバランス編成。電気、地面、エスパーで組むと安定する。ルージュラやラッキーは面倒ならば物理耐久が紙なので破壊光線や爆発で蹴散らしてもいい。
バトル5 理科系の男
爆発厨。ゲンガーでない限り、爆発技が使えないレアコイル以外は2より確率が低いとはいえ大爆発する。パルシェンの殻で挟む、レアコイルの電磁波、カビゴンのど忘れは意外と手こずりやすい。
バトル6 短パン小僧
短パン小僧のくせして意外に強い。98カップで実際に組めそうな編成。ゲンガーとニドクインはサイコキネシス、ガルーラやラプラスは10万ボルト、ラッキーやフーディンは破壊光線。面倒ならゲンガー以外は爆発でもいい。
セミファイナル ボーイスカウト
なかなか強い。マルマインは爆発するが、火力に乏しいためナッシーやケンタロス、ゲンガーで受けられる。パルシェンとニドキング、ナッシーはスターミーで撃退できる。ルージュラやスリーパーは破壊光線やのしかかり、面倒なら爆発で倒す。
ファイナルバトル ミニスカート
かなりのガチパ。フーディンがいないのが唯一の救い。ギャラドスの代わりにフーディンがいたらガチパの極み。ケンタロス、フーディン、スターミーで行きたいが、なみのりピカチュウが欲しいなら3体のうち一枠にピカチュウを出す必要がある。