スザクが放った大量破壊兵器フレイヤ。その威力は、想像を絶していた。死傷者は、二次被害も含め約２５００万人。その中には、ルルーシュが最も愛していた妹ナナリー。救出に向かっていた咲世子。ナナリーを補佐していたローマイヤ。ギアスによって結果的に寝返ったギルフォード。ロロを捕まえようと政庁に突入した朝比奈も含まれていた。トウキョウ租界は壊滅状態に陥り、
多くの人々はアッシュフォード学園に非難した。ルルーシュは、ロロからナナリーの死を告げられても、生きていると信じ藤堂やカレンに捜索を命じた。
しかし斑鳩から捕虜のコーネリアが逃げ出し、外交特使として宰相のシュナイゼルが、来艦した事で事態は一変した。ディートハルトから連絡を受けた藤堂は、命令を無視して全軍に撤退命令を下した。勝手な撤退命令に取り乱したルルーシュ。ロロに肩を抱かれながら斑鳩に戻り、ジェレミアが引き続き捜索を続行した。ナナリーが、目の前から消えたショックのまま憔悴したルルーシュ。しかしロロの携帯電話に付いていたキーホルダーを見て、今までロロに対して持っていた憎悪と殺そうとした事実を明かし、部屋から追い出した。ナナリーの代わりに「弟」として居座る事は、絶対に許せなかった。
その後ブリタニア側との会談が始まろうとした。ルルーシュに連絡を取った凪沙だが、憔悴しており電話に出す、連絡が取れなかった。結局黒の騎士団は、リーダー抜きで会談に出席した。会談は、シュナイゼルのペースで進み、ゼロの正体が弟のルルーシュであり、今まで起こして来た奇跡が、絶対遵守の力ギアスによって起こされた事実を暴露した。まさかの事実に信じられない黒の騎士団サイド。出席していた玉城は、証拠を差し出すように要求した。
それを証明したのは扇だった。ヴィレッタから情報を得て、ゼロをペテン師と断罪。自分達は
単なる駒として扱われている事を伝えた。それでもギアスの力を利用すれば、強力な武器になると言い出すディートハルト。しかしギアスが、敵味方関係なく利用されたユーフェミアのイレブン
虐殺事件。これがギアスによる事を認めた、ルルーシュが認めた発言の録音が示された。更に
カノンから、過去にギアスを掛けられた人物のリストが提示された。
これで駒として利用されていた事実を認めた藤堂達。但しシュナイゼルの引き渡し要求に対し日本返還を要求した扇。今度は黒の騎士団から裏切られてしまったルルーシュ。ただしＣ．Ｃ．が記憶を失い、誰も傍に居なくなった事を知ったカレンは、ルルーシュの為に何とかしようと決意した。しかし扇達に呼び出されたルルーシュは、全員から銃を突き付けられた。必死に庇おうとしたカレンを尻目に、シュナイゼルが黒幕だと知り、ついに仮面を取り素顔を晒した。そして黒の騎士団は、自分の駒だった事。カレンも例外ではない事を告げた。
自分も駒だと聞かされ、サヨナラを告げたカレン。しかしその言葉は、カレンを巻き込まないようにする、ルルーシュの気持ちが込められていた。そして一斉に発射された弾丸が、ルルーシュに襲い掛かった。その時蜃気楼が、突如出現し銃弾を受け止めた。乗っていたパイロットは、怒りをぶつけられたロロ。兄の言葉を信じず助けたい思いだけで、心臓が止まるリスクを背負うギアスを連続で使用。アーニャを始めとする追撃部隊から逃れる事が出来た。それは、利用されて来た今までの人生と異なり、人間として自分の意志で行動した結果だった。
ただしルルーシュの制止を聞かなかった代償は、ロロに死という結果を招く形になった。今まで
弟と認めなかったルルーシュは、初めて自分の弟だと認め最期を見取った。助けられた命で父
ブリタニア皇帝を道連れにしようと決意して、たった１人での戦いに挑もうとした。一方でスザクは、フレイアで多くの命を奪った事で迷いが無くなり、ブリタニア皇帝は神根島にあるラグナレクというシステムで、古い世界の破壊を決意した。世界は新たな方向に動き始めた。
「私分からなくって、こんなにひどい事なるなんて。私がこんなに・・・・」トウキョウ租界跡地で、まさかの事態を引き起こした心境を口にしたニーナ。「殺した！大成功だよニーナ。フレイアの威力は絶大だ！我がブリタニアに勝利をもたらすだろう。」戦わないように、殺し合いが無くなる為に信じてきたスザク。しかし自分が多くの人間を殺す結果をもたらし、全てを吹っ切った。甘さや
情を捨て、ただ勝利の為に戦う戦士に変わった。（変わってしまいましたねスザク。元々戦いなんか無ければ良いと思って、玄武首相を殺した。その罪滅ぼしをすべく、ブリタニア軍に入り死に場所を探していた。それなのに「生きろ」というギアスによって、思いが捻じ曲げられた。その結果引き起こされたフレイア発射。しかしそれが、スザクの思想を変えてしまうとは。）
「エリア１１に来ていながら、皇帝はトウキョウ租界に現れなかった。あいつの目的は別にある。式根島？いや神根島の遺跡か？」ブリタニア皇帝が、エリア１１に向かった情報を聞いたルルーシュ。目的は、神根島の遺跡にあると推測していた。事実嚮団メンバーが、皇帝の周辺に集まり、各ギアス関連の遺跡を同調させる事で、アーカーシャの剣が使用可能だと報告した。
（アーカーシャの剣は、神を滅ぼす武器。それを使うべく皇帝は、神根島にやって来た。各遺跡
のシステムを同期させる事によって。ルルーシュは、それを読んで神根島に向かいます。しかしギアスも武器も効かないのにどうやって倒すのか？秘策はあると思いますけど？）
「直接会うなんて久し振りね。」ディートハルトから蜃気楼破壊指令が伝えられる中、斑鳩に
帰還したアーニャ。Ｃ．Ｃ．の存在に反応してギアスが発動。それと同時にアーニャの人格から
変わった。Ｃ．Ｃ．の精神世界「Ｃの世界」に現れたのは、ルルーシュの母親マリアンヌ。「何やってるのＣ．Ｃ．私よ！」アーニャの姿から変わりＣ．Ｃ．に話し掛けた。「そんなにルルーシュが
心配かマリアンヌ？どうしてこんな所まで来たんだ。」まさかの登場を疑問に思うＣ．Ｃ．。「あらやだ私がそんなに理想的な母親だと思っていたの。あなたが、今でも私達の味方なのか知りたくって。」契約した自分やルルーシュの味方だと、確認しようとしたマリアンヌ。皇帝ならば、死にたい願いを実現可能だったにも拘らず。 「分からないんだよ自分でも。ちょっと驚いている。」死にたいと思ったのに、自分でもコードを封印した理由が分からないＣ．Ｃ．。「じゃあ確かめに行きましょう。現実の世界で！」斑鳩を出て、コードを封印した理由を確かめるべきだと主張したマリアンヌ。既にアーニャの人格ではなく、マリアンヌとして動き出していた。（まとめるとＣ．Ｃ．は
マリアンヌともギアス契約をしていた。その効果は、掛けた相手に自分の人格と取り替える事。
つまりアーニャにギアスを掛け、Ｃ．Ｃ．と接触した時点で、人格はマリアンヌに変わった。そして
再びＣ．Ｃ．と再会。現実世界で閃光のマリアンヌが、復活するのです。肉体は死んだけど、精神滅んでいない。ちょっとややこしいですけど。）
「仕方ないゼロの戦死を発表しましょう。」裏切ったいう事実を伏せ、戦死した事を既成事実化しようとしたディートハルト。「あのさあギアスの事も発表するつもり？」ゼロの持っている力ギアスを公表するのか尋ねたラクシャータ。「私達がおかしいと、放逐（追放する事）されるだけです。
仮面の英雄など所詮は記号。認める者がいなければ、成り立ちません。」ギアスについては、誰も認めようとしないので逆効果。更に本物が出て来ても、ゼロは単なる記号であるので、正体を
知らない人々にとって、本物と偽者の区別が付かない。既にゼロは、黒の騎士団にとって必要ではなくなったのだ。（リヴァルに電話してミレイに花火が、出来ないと伝えて欲しいと頼んだ
ルル。皇帝と刺し違える覚悟が出来た。今それが、彼のたった１つの生きる理由なんです。）
その頃神根島では、各遺跡システムを神根島に同調し始めた。世界各地域にコードが浮かび上がり、異常な事態が続出した。「これで既存の神の世界は終わる。新たな世界の創造ラグナレクが始まる。」アーカーシャの剣により世界を破滅させ、新たな世界を創造しようと企むブリタニア皇帝。モニカからシュナイゼルの通信が入った報告を受けても「俗事なぞ任せると言った！」
一方的に通信を拒絶した。皇帝としての政治ではなく、世界の破壊を選んだのだ。（戦争は、俗世間の事。そんなのは、シャルルにとっては興味も無い。今までのオールハイルブリタニアも全部しょうがないからやっていただと思いました。）
「先ほどシュナイゼル殿下は、黒の騎士団と停戦条約を結んだと公式発表しました。また黒の騎士団からＣＥＯゼロの死亡が発表されています。」キャスターのミレイが、テレビを通じてゼロを
追放した黒の騎士団との停戦とゼロの死亡が公表された。「本気なんですか？私達ゼロのおかげでここまで来たのに！」ゼロを切り捨てる決定が、本当かどうか確かめたカレン。「黒の騎士団にもうゼロは必要ない。皆を使い捨てたのは、ゼロの方だ！彼は皆を騙していたんだ。ギアスという卑劣な力を使って。人は皆はゲームの駒なんかじゃないんだよ。」駒のように扱ったルルーシュとギアスを認めない扇。死んだ吉田や井上の霊前でゼロの存在を否定した。（扇中心で黒の騎士団が進むとは思えない。それじゃあレジスタンスグループ時代と一緒。シュナイゼルはゼロの追放を予見し、彼らを駒として利用使用すると思うのですけど。）
夜になりスザクは、アヴァロンにやって来た。専用機ランスロット・アルビオンの状況を確認すべく。「渡したくないね！」アルビオンの使用を嫌がるロイド。「これはナイトオブセブンの命令です。」地位を乱用して認めさせようとするスザク。そこにシュナイゼル達がやって来た。「ギルフォードはどうした？」早速ギルフォードの所在を確認したコーネリア。「ギルフォード卿は、今回の
戦闘でフレイヤ弾頭により、攻撃を仕掛けたものの行方知れずに。生死不明とはいえ、功績は大きいよ。流石はコーネリアの騎士だ！」現状を報告したカノン。功績を評価したシュナイゼル。
「待って下さい、フレイヤ弾頭を撃ったのは自分です。あれは自分の功績です。ナイトオブワンになる為の。この処置は、ギルフォード卿の名誉を守る為ですか？これまでの自分は甘かった。
結果より手段と言いながら、理想や美学だったのではないかと。それとも殿下が、していただけるのですか？自分をナイトオブワンに！」自分が撃ったフレイヤの功績が、ギルフォードの名誉を
守る為にすり替わろうとしていた。今までのスザクなら黙っていたはずだが、手段を選ばず結果を求めようと考えが変わったので、シュナイゼル達に意見した。（プロセスとか説得とかずっと言って来たけど、フレイヤを撃ってから完全に人が変わったスザク。まるでルルが、乗り移ったみたいになりました。念願をかなえるには、手段を選ばない！）
「じゃあなるとしよう。私が、皇帝になるとしよう。それなら問題ないだろう。俗事とおっしゃったそうだよ皇帝陛下は、黒の騎士団との戦争を！コーネリアも知っているだろう？危険な研究にのめり込み、度々玉座を離れた。政治を戦争をゲームとして扱ったんだ。この世界に今日という日に興味を失い、人々が苦しんでいる姿をただ眺めている男に、王たる資格は無い！」今の世界を
大切に考えるシュナイゼル。ついにブリタニア皇帝シャルルに叛旗を翻した。「殿下ラウンズの自分なら、陛下に謁見が叶います。皇帝陛下暗殺をお命じ下さい。ジノ人を殺めるのが、自分の業ならばこれを認めよう。必要なのは結果だ！」自分の願いを実現すべく、皇帝暗殺を志願した
スザク。神根島に居る情報を掴み急行した。（ジノは大反対しましたけど、シュナイゼル殿下は
ブリタニア皇帝になろうとするのは本気なんです。人は誰もが、支配されたがるというのは、言葉を変えれば何かにすがりたいという意味でしょうか？）
「自分を取り立てて戴いた事には感謝しています。しかしあなたには、２つの罪があります。
１つは、王たる責務を放棄した事。もう１つは、ギアスに手を染めた事。ギアスは、人の悪なる
物を引き出します。あなたは、ユフィーの事も救えたはず。それなのに見捨てた！この剣には
ルルーシュやナナリーの絶望もこめさせて戴きます覚悟！」王の責務を放棄し、ギアスに手を染めた事が許せず、ギアスの為にユーフェミアは死んだ。その恨みの一太刀を浴びせたスザク。しかしそこには、ナイトオブワンビスマルクが立ちはだかった。（ビスマルクもギアスを持っていた。
多分シャルル皇帝が与えたのだと。もしかしてスザクを刺客に送って事を皇帝は、推測していたのでしょうか？扇が、リーダーとしてミスキャストというのは、皆分かってますよ。）
「僕に掛かっているギアスが、逃げろと叫んでいる。それほどまでなのかナイトオブワン。それでも弱さを捨てた。」逃げる事無く、弱い気持ちを捨て戦いを続けるスザク。しかしビスマルクは、
スザクの持つ優しさが、強さの源である事に気付いていた。「規範無き強さなど只の暴力！ここで死ぬが良い枢木スザク！」剣を弾き飛ばし最期通告をした。その時大きな爆発と共に神根島に現れたのはルルーシュ。ブリタニアの軍人にギアスを掛け、同士討ちをさせた。更に式根島から来たサザーランドが、モニカの親衛隊に奇襲を掛けた。「私もギャラハットで出る！」反乱を鎮圧すべく出撃したビスマルク。（反乱ではないですからね。確かにシュナイゼルは、反乱を企てていますけど、これはルルーシュのギアスに操られた軍隊の仕業ですから。そして黒の騎士団とシュナイゼル達の会談もストップ。全ての主要人物が、神根島に集合です。）
「クーデターに組みするとは、それでもナイトオブワンか！」ビスマルクを反乱軍だと疑い攻撃を仕掛けたマリアンヌ（アーニャ）。「勘違いするな！敵は、式根島から来た。モニカも証言する。」
反乱に加勢していないと主張したビスマルク。「分かりました私は、地上から反乱軍を向かい撃ちます。」最初からビスマルクが、皇帝を守る為に戦っている事を知っていた。しかし自分が味方だと説明する時間が無く、疑うことで逆に信用させる心理作戦を瞬時に考案したマリアンヌ。「半庵力は衰えていないな。流石は閃光のマリアンヌ。ルルーシュの母親といった所か！」瞬時の判断力の凄さに感服したＣ．Ｃ．。マリアンヌが、皇帝を守る側に付いた。（説明するよりも疑った方が、相手が勘違いしていると判断する。だから疑心暗鬼を起こさない。それは本当に高度な心理戦です。ただ助けるか迷っている「彼」とは一体誰を指しているのか？）
「さあ神よ決着の時が来た。」アーカーシャの剣を作動させようとする皇帝。「違うな、間違っているぞシャルル・ジ・ブリタニア！決着をつけるのは、この俺だ！」再び皇帝の前に現れたのは
ルルーシュ。銃も剣もギアスも効かないので、ルルーシュに勝ち目はないと鷹をくくっていたが
「貴様がこの場所に入ったおかげで、勝利の目算が立った！」現実世界と異なる、仮想空間に
居る事を逆手に取り、出口を爆破したルルーシュ。これでは、現実世界に影響を与えられなくなり、今やっている事が意味を成さなくなる。「貴様の作ったシステムが、貴様自身を閉じ込めた。
俺と共に永遠の懺悔に苦しむがいい。」いよいよ皇帝を道連れにしようと、最後の戦いに挑もうとした。但しマリアンヌが、どの様な行動に出るのか？
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