超合衆国決議を受諾した黒の騎士団。総司令の星刻率いる部隊が、カゴシマに向けて出撃を
開始。更にヤマグチ・シマネなどにも奇襲作戦を展開した。しかし待ち構えるのは、ブリタニア定刻最強のナイトオブワンビスマルク。吸血鬼の異名を持つナイトオブテンルキアーノ。驚異的な性能を持つ神虎でも、ギャラハットとパーシヴァルを相手に苦戦を強いられた。
一方アーカーシャの剣に置き去りにしたはずの、ブリタニア皇帝が戻り、宣戦布告して来た事実を受け、ナナリーが危機に迫ると思い、スザクに助けを求めたルルーシュ。但し簡単には、首を縦に振らないスザク。条件として枢木神社で、２人だけで会う事を求めた。それの条件に従い、ルルーシュはたった１人で、かつての親友と再会した。
しかしルルーシュだけが、自分の要求を満たそうとする事は、スザクにとっては許せなかった。
ゼロという仮面を被り、自分を偽り、ギアスで人を翻弄した。大切な存在だったユーフェミアを殺した。そして自分に望まない「生きろ！」と命じたギアスを掛けた。全て嘘で塗り固めたルルーシュの行動全てを受け入れる事が出来ず、土下座をした頭を足で踏みつけた。
それでもゼロとして、正義の味方と嘘を付いた事を本当にする事。つまり今ブリタニアと超合衆国の戦いを終わらせるように命令し責任を取れば、ナナリーを守る為もう一度、手を結ぶ条件を
提示して、手を差し伸べたスザク。その手を掴もうとしたルルーシュ。その時２人を引き裂く、銃声が響いた。シュナイゼルの命を受けた、カノンとグラストンナイツが、ゼロを拘束すべくスザクの後をつけていたのだ。
当然何も知らなかったスザク。しかし再び親友に、裏切られたと思ったルルーシュ。押し込まれた車の中で、シュナイゼルと再会。ついにゼロの正体を知られてしまった。しかし万一に備えて
予めギルフォードに、特定のポーズをしたら、自分をコーネリアと思うように命じた、ギアスを掛け
ていた。そしてルルーシュを見ると、コーネリアが拘束されていると思い込み、車から救出をさせ
まんまと脱出に成功。そのまま蜃気楼に乗り込み、トウキョウ租界に向かった。
ギルフォードの寝返りと録音していたテープの内容について、説明を求めたシュナイゼル。アンフェアな戦いに身を投じるリスクと悲劇を繰り返さない為に。そしてギアスの事を説明したスザクは、責任を取るべく大量破壊兵器フレイアが搭載された、ランスロット・アルビオンに乗る決意をした。一方トウキョウ租界に到着したルルーシュ。列車に取り付けていたゲフィオン・ディスターバーを作動させ、ナイトメアフレームを始め、通信や交通など租界機能全体を麻痺させた。その隙に星刻達とは別に、行動していた斑鳩にいた藤堂に進軍を命じ、ロロと咲世子達は、ナナリー救出に向かった。
「斑鳩艦隊に告げる。ゲフィオン・ディスターバーによって、トウキョウ租界のライフライン・通信網、そして第５世代以前のナイトメアは、機能停止した。敵の戦力は半減している。各主要施設を叩き、トウキョウ租界の戦闘継続能力を奪い取れ！シュナイゼル率いる、主力部隊が到着までが、勝負となる。防衛戦を敷きつつ、ブリタニア政庁を孤立させろ。ナナリー総督を抑えれば
我が軍の勝利となる。」斑鳩から発進した、藤堂・ジェレミアらのナイトメアフレーム舞台に対し
サザーランドやグラスゴーなどの、旧型ナイトメアフレームが停止した隙を突き、ブリタニア政庁を孤立させ、ナナリーを抑えろと命じたルルーシュ。（ただランスロットやトリスタンやモルドレッドは、動く事が可能。単機でも強いから、これがどう影響するのか？オレンジが乗っているのは、
ジークフリードもどきらしいです。）
「まずは、環状線沿いのゲフィオン・ディスターバーを排除する。ランスロットは、出られるのかい？」戦力回復を最優先したシュナイゼル。ランスロットの出撃が、可能かどうか確認した。その頃ランスロットに乗り込もうとしたのはニーナ。ゼロが目の前にいる状況に、自分の気持ちを抑えられなかった。「ニーナさん、あなたには無理です。だからさあ君はデヴァイサーじゃなくて、科学者なの。」出撃させないように、必死で説得するロイドとセシル。「ニーナ、君にフレイヤを撃つ覚悟があるのかい？それだけじゃない、撃たない覚悟も必要なんだ。」現れたのはスザク。ニーナをフレイヤを使う覚悟と使わない覚悟、両方の覚悟が必要だと説得。ルルーシュとの決戦を挑もうとした。（プライドはあるでしょう。ナイトオブラウンズとしてのプライドが。そうでなければ、ルルの思い通りになりますから。）
「藤堂、千葉と朝比奈に政庁の制空権を抑えさせろ。」政庁を孤立させるべく、藤堂に命令を
出したルルーシュ。ロロへ連絡を取り、政庁への突入状況を確認した。「咲世子のチームが、先行しているよ。僕もこれから合流するから。」まず咲世子達が先行。続いてロロ達が、後を追う
布陣で突入作戦を敢行していた。「やはり来たか！」予想通りゲフィオン・ディスターバーの影響を受けない、スザクのランスロットが、立ちはだかった。「ゼロ戦闘を停止しろ！こちらは、重戦術級の弾頭を搭載している。」戦闘停止の説得を試みたスザク。「お前の言う事など信じられるか！ジェレミア！」２度も裏切られたルルーシュには、説得は無駄だった。「イエス・ユア・マジェスティ。」新型サザーランドジークで、忠義に報いるべく、攻撃を仕掛けたジェレミア。（確かにジェレミアとギルフォードが、いきなり黒の騎士団に居るというのは、おかしいと思うはず。これが
黒の騎士団の内部分解に繋がらなければ、いいのですけど。）
「スザク、フレイヤを使って！」ジェレミアとギアスにより、ルルーシュをコーネリアと思い込まされているギルフォードに囲まれたスザク。ニーナは、フレイヤの使用を訴えた。「ごめんニーナ。
でもこれは使わない！」フレイヤの使用を拒否。３人相手に戦いを挑んだ。しかしサザーランドジークに捕まり、絶体絶命のピンチに陥った。そこに蜃気楼に攻撃する、ナイトメアフレームが、救援に現れた。「ナイトオブラウンズの戦場に、敗北は無い。」現れたのは、ジノのトリスタン。これで戦力は、五分と五分になった。（ミレイさんは、突撃リポートしてましたけど、上にオレンジがいてやばい所に来てました。オレンジは、忠義の言葉ですか。ネタ男も格好よくなりました。）
「ロロ俺が、合流するのは、もう少し先になる。」トウキョウ決戦を予期していた、シュナイゼルは、兵力を温存していた。結果蜃気楼でも突破が困難になり、政庁に合流するのに、時間が掛かると伝えた。「うんわかった。こっちは、１３階層までクリアーしたから。安心してナナリーは
必ず僕が見つけ出すよ。」現状を報告したロロ。心の中では、ナナリーを見つけ抹殺しようと企てていた。一方のルルーシュは、ナナリーを助け出したら、用済みで始末しようと企み、２人の思惑は全く異なっていた。（最初からルルは、ロロは利用するだけのボロ雑巾。しかしロロはルルが、たった一人の兄だと思っている。そのズレが、垣間見えたシーンでした。だからシャーリーのの悲劇もあったのですよね。）
一方政庁攻防戦は、グラストンナイツが、乗るナイトメアフレーム「ガレス」部隊と朝比奈と凪沙の制空権制圧部隊が真っ向勝負。凪沙の暁が、ガレスに狙われピンチに陥った。しかし寸前で
朝比奈が救出した。ただしルルーシュは、ナナリーを確保するまで、政庁を攻撃するなと命じており、朝比奈は隠密行動の多い、ルルーシュに疑いの目を向けていた。そして政庁内では、ローマイヤが、ナナリーを脱出させるべく、輸送機に移動させた。更にカレンの抹殺を実行に移そうとした。（ルルの蜃気楼は、アーニャのハドロン砲の餌食になりそうな大ピンチ。その時指示を出すべき扇が、あたふたして、冷静な判断が下せない。凡人振りを遺憾なく発揮しました。まあゼロを助けられるのが、玉城だけだなんて。）
「ご無事で何よりです。ナナリー様は、ロロ様が迎えに行かれました。」間一髪刺客を排除したのは、先行して突入した咲世子。ロイドとセシルが、改造パワーアップした「紅蓮聖天八極式」のところに案内した。エースパイロットは、救出は成功したが、ブリタニア軍はイケブクロとスガモの
ゲフィオン・ディスタバーを破壊。これでサザーランドなども活動が可能になり、政庁の防衛システムも再稼動してしまう。これで黒の騎士団との戦力差が逆転した。（時間切れになりました。
これでは、黒の騎士団は勝てない。後はカレンの紅蓮聖天八極式が、どれぐらいのポテンシャルを持っているのかが、勝負の分かれ目になります。）
「ゼロ、ブラックリベリオンは、失敗に終わる定めなんだな。」追い込んでいたアーニャに、再び異変が生じ、モルドレッドは戦線を離脱した。しかし安心する間もなく、ルキアーノのパーシヴァルと部下のヴァルキリエ隊が現れ、縛り付けられた蜃気楼。玉城達月下の攻撃も一蹴され、攻撃に転じようとして、シールドを開けた所を狙われた。絶体絶命の大ピンチまで、追い込まれてしまったルルーシュ。しかし高速のスピードで、救援に来たのは、出撃した紅蓮聖天八極式！ヴァルキリエ隊を一蹴して、パーシヴァルの前に立ちはだかった。（美少女軍団だったのに、こんなあっさりとやられるなんて。玉城と同じぐらい扱い酷すぎる。それを言ったら、木下に対する扱いも酷いですけど。）
「イレブンよ！戦いの真実を教えてやろう。日常では、人を殺せば罪になる。だが戦場で人を殺せば、英雄になる。公に人の大事な物、命を奪えるなんて最高じゃないか！」戦いで命を奪う事に快感を覚えるルキアーノ。「あんたちょっと下品だよ。」ルキアーノの言葉に、嫌悪感を覚えたカレン。パワーアップした紅蓮聖天八極式が持つ、驚異的なポテンシャルを発揮した。間合いを詰めて、自分の形に持ち込んだパーシヴァルの攻撃が、全く通用せず、逆に得意の幅射波動を食らわし一気に撃破した。（ナイトオブテンが、やられて気持ちよかった。紅蓮をパワーアップさせて黒の騎士団は、一気に戦力アップ。ロイドもラクシャータも面白くなさそうですけど、使う人間が優秀だから、科学者としての能力を見せられていいのでは？）
カレンが加わり、黒の勢いを増す黒の騎士団。藤堂率いる部隊は、シュナイゼルのアヴァロンに向かって進撃を開始した。「藤堂さん、木下副隊長の証言データを送ります。聞いてもらえれば分かります。やはりゼロは、信用出来ません。これから政庁に入り、ロロを捕縛します。」攻撃された木下の言葉を聞いた朝比奈。藤堂に報告をして、ロロを捕縛すべく政庁に向かった。「ゼロ様、総督を発見しました。ロロ様は、ナイトメアを鹵獲した後、こちらの護衛に付くそうです。」ナナリーを発見した連絡をした咲世子。ルルーシュは、これで問題がクリアーされ、勝利を確信して「カレン、スザクを討て。これで邪魔者は居なくなる。」一気にランスロット・コンクエスターを討つように命じた。（朝比奈が木下から聞いた情報は、あのＶ．Ｖ．を討とうとした時の事でしょう。だからロロを捕まえて、真実を語らせようとしたのです。やっぱり内部崩壊の足音が、近づいている。コーネリアも脱出したみたいですし。）
「違い過ぎるマシンポテンシャルが。」一方的にやられるスザク。ニーナのフレイヤ使用を求める声に対しても、決して首を縦に振ろうとしなかった。「そうだこれは、償いなんだ！受け入れるしかない。」死を受け入れる事を覚悟したスザク。しかしルルーシュに掛けられた「生きろ！」というギアスにより生きる道を選び、ニーナの言う通り、フレイヤの発射ボタンを押してしまった。弾が
発射され、ブリタニア政庁に向かって行き、守るべきブリタニア軍が、引き上げて行った。（スザクは死という、父親殺しの償いを受けようとした。しかしまたもギアスが、発動してしまい、生きる
道を選ばされた。これが、悲劇の引き金になってしまいました。）
「ナナリー！！！！！！！！！！」ルルーシュの叫びが、空しくこだました。フレイヤの光が
ブリタニア政庁を包み、朝比奈もナナリーも咲世子ローマイヤも飲み込まれた。「お逃げ下さい姫様！」蜃気楼を助けようとした、ギルフォードのヴィンセントも光の中に吸い込まれ消えた。「ロロナナリーと話がしたい。咲世子とも連絡が取れない。話がしたいだけなんだ。」ナナリーを発見した咲世子と連絡が取れず、ロロに連絡したルルーシュ。「間に合わなかった。ナナリーは、死んだんだよ。」事実だけしか答えなかったロロ。「嘘を付くな！」政庁が消え去り、現状が受け入れられず、嘘だと言うしか出来なかった。（ギルフォード卿、操られていたとはいえ、コーネリア皇女
殿下に対する、忠義は本物でした。命を投げ出して救う行為は、胸を打たれました。ただその相手が、ルルだったのが悲しい話ですけど。それ以上にナナリーが・・・・・）
フレイヤの発射で、多くの人間が消えた。果たしてナナリーは、本当に死んだのか？皇帝は
なぜエリア１１に来たのか？朝比奈が藤堂に伝えた事は、何だったのか？第二次東京決戦は
多くの犠牲者を出し、物語は新たな局面に向かって行きます。
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