Amazonの電子書店はKindleストアといいます。
Kindleストアに出版者（出版社）としてアカウントを登録して、EPUBファイルをKindleストア用の電子書籍ファイルに変換し、その出版申請する作業は簡単です。しかし、Amazon米国法人から印税の支払いを受ける際に、米国の源泉徴収税（所得税）がかかるということと、また、米ドルが日本の銀行に振り込まれ際の手数料が高いという問題があります。
実際の出版をする前に、これらの問題をクリアします。
まず、Amazon Kindleの出版者登録をする際に銀行口座を指定しなければならないので、この時に、銀行の手数料対策をします。
米ドルが日本の銀行に振り込まれ際の手数料は、一般の銀行（例： みずほ銀行）などでは2,500円です。
しかし、中には、手数料がかからない銀行もあります。
新生銀行では振込み手数料が0円ですので、Amazonからの振込用として新生銀行に口座を作るのがおすすめです。
新生銀行の口座案内： http://www.shinseibank.com/powerflex/
新生銀行の口座開設資料（スターターキット）請求フォーム： https://sre.shinseibank.com/AOStarterKit/HTML/OAKeyInfo.aspx
ただし、新生銀行は全国に支店の数が少ないため、多くの場合は、銀行の窓口で申し込むのではなく、郵送で口座を開設することになるでしょう。その場合は、口座開設まで約2週間かかります。
口座番号が決まってからでないと、AmazonのKindleストアで電子書籍を発行するためのアカウントをとることができません。そのため、口座開設の手続きは早めに始める必要があります。
Amazon Kindleの出版者登録ページ： https://kdp.amazon.co.jp/self-publishing/signin
次に、米国の源泉徴収税（印税の30％）の免除を受けるにはどうしたらよいかというと、
米国の税法では、米国法人(Amazon Services International, Inc.)が米国以外に居住している法人や個人に対して印税の支払いする際に、そのことをIRS（内国歳入庁）へ報告すること、およびその支払いに際し、税金（印税の30％）を源泉徴収してIRSに納めることが定められています。しかし、日本居住者の場合、IRSに適切な申請を行うと、源泉徴収は免除されます。
この申請を行うためには、まず、IRSからSS-4という申請書を手に入れ、それをIRSに（電話、FAX、郵送（エアメール）で）提出して、EIN（米国法人番号（Employer Identification Number）雇用者番号とも言います）を発行してもらいます。EINは発行されてから有効になるまで2週間ほどかかります。
SS-4フォーム（FAX用）： http://www.irs.gov/pub/irs-pdf/fss4.pdf
SS-4の記入例： https://kdp.amazon.co.jp/self-publishing/help?topicId=A34SGQOUTL6R4
私の場合はFAXで申請したため、返事のFAXはなんと午前5時ごろ到着して、目が覚めました。米国では営業時間中でも日本ではまだ就寝時間中なのですね。
次に、EINが有効になった頃に、IRSからW-8BEN（米国源泉徴収に関する租税条約の恩典を受けるための証明書）の申請書を手に入れ、それにEIN番号を記入し、郵送（エアメール）でAmazon米国法人に送ります。
W-8BEN申請用紙： http://www.irs.gov/pub/irs-pdf/fw8ben.pdf
現行のW-8BENの記入例： http://kcszk.com/blog/archives/3502
2014年1月1日にW-8BENの様式が変更されますので、それ以降は新様式の申請用紙を使います。
Amazonがその申請書を受け取った後、10日ほどして、Amazonから「貴方のアカウントの源泉徴収率は0%に設定されました」という内容の電子メールが届きます。結局、手続きを始めてから終わるまで1か月近くかかるわけです。出版するのは、そのあとにしましょう。
こうして、準備が整ったら、出版予定のEPUBファイルをAmazon Kindle用のmobiファイルに変換します。
そのためには、Kindleプレビューア（http://jp.downv.com/download-Kindle%82%CC%83v%83%8C%83r%83%85%81%5B%83A-10416799.htm）という無料ソフトをパソコンにダウンロードして、インストールし、そこにEPUBファイルを読み込ませるとmobiファイルに変換してくれます。
変換時にエラーメッセージが表示された場合は、元のEPUBファイルを修正して、もう一度変換します。
Kindleプレビューアでエラーが出なくなっても、実際に端末で表示すると問題が見つかる場合があります。Kindle端末やスマートフォン端末をパソコンに接続して、その電子書籍が正しく表示されるかどうかを確認したほうがよいでしょう。
問題がなくなったら、Amazonにその電子書籍の出版申請を行います。