監督：庵野秀明 監督：摩砂雪・鶴巻和哉
主な登場人物（声優）役柄
【エヴァンゲリオンのパイロット】
碇シンジ（緒方恵美）主人公。エヴァンゲリオン初号機のパイロット。第3の少年。
綾波レイ（林原めぐみ）エヴァンゲリオン零号機のパイロット。第1の少女。
渚カヲル（石田彰）月面で目覚めた少年。
【特務機関NERVのメンバー】
葛城ミサト（三石琴乃）NERV戦術作戦部作戦局第一課長。パイロットの直接の上司で戦闘指揮官。
赤木リツコ（山口由里子）NERV技術開発部所属。E計画担当・エヴァンゲリオン開発責任者。
碇ゲンドウ（立木文彦）NERV最高司令官。シンジの父。
冬月コウゾウ（清川元夢）NERV副司令官。
日向マコト（優希比呂）NERV本部のオペレーター。
伊吹マヤ（長沢美樹）NERV本部のオペレーター。
青葉シゲル（子安武人）NERV本部のオペレーター。
【シンジらのクラスメイト】
鈴原トウジ（関智一）
相田ケンスケ（岩永哲哉）
洞木ヒカリ（岩男潤子）
轟音と地響きが起き、白と黒の手足がついた巨大な異形の怪物が現れる。国連軍の戦闘機が怪物にミサイルを発射し命中するが、怪物は戦闘機を破壊し、シンジのすぐ傍に墜落する。爆風がシンジに迫ると、シンジの前に青いスポーツカーが停まり、サングラスを掛けた女性が乗るように言う。戦闘機軍は更に怪物を攻撃し、スポーツカーはその場から離れる。
NERV司令部では巨大モニターに画像を映し、怪物が第三新東京市に進行中で航空隊の戦力では足止めできないと報告。参謀逹は後方の第4師団も全て投入し、目標を潰すように命令。戦車部隊、移動ミサイル部隊、爆撃機部隊が攻撃する。しかし怪物の周りにバリアのようなものがあって攻撃が効かない。冬月コウゾウと碇ゲンドウが、ATフィールドのため使徒に対しては通常兵器では役に立たないと話す。
国連軍はN２地雷を怪物に使う。爆風がスポーツカーを襲い、転がった車から脱出した二人は、車を戻す。女性は葛城ミサトと自己紹介する。
怪物は無事で、軍人達は悔しがる。車は国連直属の非公開組織NERVに来て、車両用エレベーターで地下に向かう。シンジの父もここにいた。
作戦の指揮権が国連軍から碇ゲンドウに移る。
ミサトはシンジからIDカードを受け取ると、NERVの説明書を渡して読むように言う。シンジは地下のジオフロントの光景に感嘆する。そこに世界再建の要、人類の砦となるNERV本部があった。地下に着くと、迎えに来た赤木リツコもエレベーターに乗り、遅刻を責める。
リツコはシンジに、人の作り出した究極の人型汎用決戦兵器人造人間エヴァンゲリオン（略してエヴァ）初号機、人類の最後の切り札を見せる。久しぶりにゲンドウとシンジが再会するが、シンジは父が苦手だった。ゲンドウは、零号機が凍結中のため、初号機にシンジが乗って使徒と戦うように言う。シンジは「出来るわけないよ」と断る。ゲンドウは「乗らなければ帰れ」と言う。
使途はエヴァの存在に気付き、NERVの真上の地上への攻撃を始める。第1層第8装甲板が損壊する。ミサトはシンジに「自分から逃げちゃダメ」と説得する。
シンジが乗らないので、ゲンドウはレイを連れて来るように言う。包帯を全身に巻いた白いプラグスーツを着た少女がベッドで運ばれて来る。地上の使徒の攻撃の衝撃でベッドが倒れ、レイが投げ出される。シンジがレイを助け起こし「逃げちゃだめだ」と自問し、「やります。僕が乗ります」と決心する。
シンジはエントリープラグに入り、エヴァの脊髄に注入される。エントリープラグは酸素を体内に取り込むためのLCLが満たされ、シンジは焦る。初期コンタクトは問題なかった。シンクロ率41.3%。プラグスーツの補助なしの結果にリツコは驚く。ミサトは発進準備を命じる。エヴァ初号機は射出坑へ移動する。ゲンドウはエヴァ初号機の射出を許可する。
エヴァ初号機は地上に出現し使徒と対峙する。エヴァ初号機の最終安全装置が解除され、リフトオフする。シンジは神経を集中させて、左足を一歩踏み出す事に成功し、リツコ達は驚愕して喜ぶ。しかし、次の一歩を踏み出そうとして、前のめりに倒れる。使徒はエヴァ初号機を持ち上げると左腕を折り、シンジは痛みに苦しむ。使徒はエヴァ初号機の頭部に槍のようなビームを貫く。パイロットの生死不明で、ミサトはプラグの強制射出を命令するが、反応しない。
エヴァ初号機は自分で再起動し、右腕を再生して暴走し、使徒に突進する。ATフィールドに遮られるが、自分もATフィールドを展開して侵食し、こじ開ける。使徒のコアを破壊し爆破させる。
ゲンドウは妻に、生まれて来る子供の名前を聞かれ「男だったらシンジ、女だったらレイと名付ける。」と答える。それはシンジの夢だった。シンジは広い病室で目を覚まし「知らない天井だ」と呟く。
ゲンドウとゼーレのモノリス達が「第４の使途襲来、３番目の子供の接収、初号機の初起動は、ほぼ予定通りだ」と話す。ゲンドウは、初号機の実戦配備と２号機と付属パイロットは、ドイツにて実証評価試験中と答える。ゼーレ達は、使徒殲滅はリリスとの計画のごく一部で、「人類補完計画」の遂行が願いだと話す。
戦闘現場では初号機の回収作業が行われていた。
シンジが廊下にいると、重症の綾波レイがベッドで運ばれていく。
航空機に乗ったミサト、リツコ、マコトが使徒の崩壊現場を祖視察する。
父と暮らさず一人で暮らすと言うシンジを、ミサトは自分のマンションに引き取る。ミサトは歓迎会と称してコンビニで食べ物を買い込む。買い物客が、昨日の戦闘で、転出する者が続出していると話す。
ミサトはシンジを車で丘の上に行き、夕陽に照らされた街を見せる。特別非常事態宣言が解除されると、地下に避難していたビル群が地上に顔を出す。ミサトはシンジに「これが使徒専用迎撃要塞都市、第３新東京都市。私たちの街よ。そして、あなたが守った街」と教える。
ミサトはシンジにあなたの家と紹介する。散らかっている部屋で、ミサトはビールを飲み、シンジに他の人と食事をするのは楽しいと教える。シンジが風呂に入ろうとすると、温泉ペンギンのペンペンがいて驚く。
リツコはゲンドウに、病院のレイの様子を尋ねるが、ゲンドウは「凍結中の零号機の再起動の準備が先だ。息子は頬っておけ」と言う。
夜、シンジはカセットテープを聞く。風呂の中でミサトは、唐突に選出された３人目の少年、使徒の襲来、強引に接収された碇指令の息子の関係を考える。ミサトはシンジに「人に褒められる立派なことをした」と話す。
シンジは新東京市立第壱中学校に転校する。シンジがエヴァパイロットだという事はクラスメイトの中で知られており、先日の戦闘で妹が怪我をした鈴原トウジに、体育館裏で殴られる。「僕だって、戦いたくて戦っているわけじゃないのに」と呟くシンジを、またトウジが殴る。シンジは、エヴェに乗っていただけでなぜ殴られるのか自問する。
シンジはシミュレーターでエヴァパイロットとしての訓練を始め、リツコに使徒のコアを狙うように教えられる。シンジは「目標をセンターに入れてスイッチ」と機械的に反復する。
リツコはシンジが転校初日に殴られた事を心配する。ミサトは、思ったよりナイーブで難しいとぼやく。リツコは「ヤマアラシのジレンマ」の話をする。
シンジが教室に行くと、包帯をしたレイもいた。非常招集が掛かり、レイが先に行く。
第５の使徒が現われ、第一種戦闘配置で第３新東京市は戦闘形態に移行する。ビルは地下に収容され、代わりに武器が現れる。市民は地下避難所に退避していた。トウジと相田ケンスケは地上の戦闘を見たいと、避難所を抜け出して山の上に行く。
シンジはトウジに非難されて、戦闘に乗り気でなかったが、初号機がリフトオフされる。ガトリング・ガンを使徒に斉射するが、弾切れになっても効果がない。
使徒は触で物体を切って攻撃し、初号機は逃げ惑う。アンビリカルケーブルが断線され、エヴァの内部電源では活動限界が５分である。初号機は使徒にトウジ達がいる山まで飛ばされる。シンジは２人を守るため、使徒の触手を掴んで損傷する。ミサトはエントリープラグに２人を回収させる。ミサトが退却を命令するが、シンジは使徒に突進し、腹部を触手に貫かれながらプログレッシブ・ナイフでコアを突き刺し、活動限界直前に使徒を破壊する。
ミサトはシンジに命令無視を非難する。シンジは電車で家出し、一晩街を彷徨う。次の朝、尾行していたNERV職員に連れ戻される。
シンジは僕には無理だと言うが、ミサトは「エヴァのパイロットを続けるかどうか、あなた自身が決めなさい。」と言い放つ。ゲンドウは予定通りの行動だと言う。冬月は「14年前からのシナリオ。運命の子供達」と呟く。
（アイキャッチャー「EVANGELION:1.01 You are (not) alone.」）
トウジはシンジにお返しに殴らせ、謝罪する。
リツコは「綾波レイ14歳。マルドックの報告書によって選ばれた最初の適格者。第1の少女。エヴェンゲリオン試作零号機専属操縦者。過去の経歴は全て抹消済み。」と経歴を読む。零号機が暴走した時、エントリープラグが射出され、ゲンドウが眼鏡を落として火傷しながらもハッチを開け、レイを救出した。そんな零号機の凍結が解除され、ミサトは早急過ぎると疑問に思う。
定時シンクロテストが終わり、シンジは初号機の操縦席から、いつもは無表情のレイとゲンドウが、にこやかに話しているのを見る。
リツコにミサトはバーで飲みながら、シンジは父に褒めて欲しいので残った、と話す。リツコはミサトにシンジとレイのセキュリティーカードを預け、渡すように頼む。
次の日、シンジは廃れた団地のレイの部屋を訪れる。鍵はかかっておらず、中に入ると部屋は殺風景で、ベッドとカーテンと薬と血の付いた包帯、棚の上に割れた眼鏡があった。シンジが眼鏡を掛けると、背後にシャワーを浴びて全裸のレイがいた。彼女はシンジから眼鏡を奪う。その反動でシンジはレイを押し倒す。全裸の彼女の胸を触った事にシンジは動揺するが、レイは無反応で下着を着て制服に着替えると部屋から出て行く。
シンジが追いかけ、NERV入口で入れないレイに新しいカードを渡す。シンジはレイに「大怪我をしてエヴェンゲリオンに乗るのが怖くないか」尋ねるが、レイは「平気」と答える。シンジがゲンドウの悪口を言うと、レイはシンジの頬を叩く。
第６の使徒が出現し、芦ノ湖上空に侵入する。エヴァ初号機が発進する。使徒は正８面体の形から変形すると高エネルギーを発射し、初号機の胸を貫く。エヴァの前に防護アーマーを展開するが、更に変形した使徒は高エネルギーを発射する。シンジは苦しみ、ATフィールドが破られそうになる。ミサトはエントリープラグの緊急射出を命令するが、パイロットを失うとATフィールドが消失するため、ゲンドウが止める。ミサトは爆砕ボルトに点火し、人工地盤ごと落下させてエヴァを強制収容する。シンジはエントリースーツの生命維持装置で心臓マッサージされ、辛うじて救助される。
正８面体に戻った使徒は下部をドリル状に変形させ、ジオフロントに向けて穿孔し、ネルフNERV本部への直接攻撃を狙う。
戦術作戦部作戦局第一課でミサト逹が作戦を練る。使徒は一定距離内の外敵を自動排除するものと推察された。ATフィールドの中和作業は困難で、Ｎ２航空爆雷で破壊するにはNERV本部も破壊される。22層にのぼる全ての特殊装甲を貫くのは、10時間14分後の明朝午前0時06分54秒と予想された。零号機は実践不可能。初号機も損傷し、八方塞がりだった。ミサトは戦自研の極秘資料から作戦を考える。
ミサトは「ヤシマ作戦」を考える。日本全土から電力を接収し、戦自研が極秘に試作開発中の大出力陽電子自走砲を強制徴発し、長距離からエヴァで使徒を精密射撃する作戦である。全国で、午前0時から大規模な停電が行われると広報される。使徒のドリルは装甲版を穿孔し続けていた。全国の電力を供給する引き込み用超電導送電線が、二子山に向けて急ピッチで敷設される。狙撃システムの組み立ても順調に行われる。初号機は狙撃専用の装備に換装される。
冬月に初号機パイロットを聞かれたゲンドウは、最悪の場合はレイを乗せると言う。いかなる手段を使ってもあと8体の使徒を倒さなければならないと話す。
シンジは夢で「エヴァに乗るのはもう嫌なんだよ」と電車に乗る。するとレイは「そうやって嫌な事から逃げ出して、ずっと生きていくつもり？」と問いかける。「エヴァに乗らない僕は必要がないんだ。だからここにいるんだ」と呟く。
シンジが目覚めると、前と同じ病室のベッドにいた。傍らにいたレイが、明日午前0時に発動されるヤシマ作戦のスケジュールを伝える。シンジは「もう、あんな怖い思いしたくない」と言うと、レイは「じゃ寝てたら。初号機には私が乗る」と言い放つ。
ドリルは第17装甲体を突破、到達まであと4時間55分。トランスが次々に電車で運ばれ、通電、変電工事が急いで行われる。大型試作陽電子砲が双木山頂上に設置される。エヴァも運ばれる。
ミサトはシンジに「自分の仕事をきっちりしなさい」と説得する。シンジは「エヴァに乗るのが怖い。ミサトさん達はずるい」と答える。ミサトはシンジをNERVの地下に連れて行く。「使徒がサードインパクトを引き起こせば人は滅ぶ.。NERV本部のレベルEEEへの使徒侵入を許すと、自動的に自爆する」と教える。そこには第2の使徒リリスがあった。「このリリスを守り、エヴァで戦う。それはあなたにしかできない。私達はあなたとエヴァに人類の未来を託している。」と話す。シンジはもう一度、エヴァに乗ると決心する。
ミサトはシンジとレイに「シンジは初号機で砲手を担当、レイは零号機機で防御を担当」と作戦を伝える。リツコは「陽電子は地球の自転、磁場、重力の影響を受けて直進しないので、誤差を修正するのが必要。コアを貫く」と教える。シンジが「もし外れて敵が撃ち返してきたら？」と質問すると、レイが「私が初号機を守ればいいのね」と言う。2人はプラグスーツに着替える。
ミサトはトウジとケンスケの「頼むぜ」「頑張れよ」と言う伝言を聞かせる。夜になり、全国では停電が次々に始まる。シンジはレイに「なぜエヴァに乗るの？」と尋ねると、レイは「皆との絆。私には他に何も無いもの」と答え、「さよなら」と言って零号機に乗る。
午前0時になり、ミサトは「ヤシマ作戦」を発動。陽電子砲狙撃準備、各発電所からの電力伝送システム第1次接続を開始。全開閉器の接続を開始、発電所は全力運転。続いて第2接続、第3次接続。全電力は二子山増設発電所へ。第4・第5要塞は予定通り、使徒へミサイル攻撃を開始するが、使徒からのビームで一瞬にして全機破壊される。使徒に悟られないように、間髪入れずに長距離砲で攻撃するが、被弾して蒸発する。第4次接続。すべて順調。陽電子砲に電力が供給され、撃鉄を起こす。第5次最終接続。シンジはモニターを見ながら、目標の使途に照準を合わせる。人々はかたずをのんで見守る。シンジは引き金を引き、陽電子砲が発射される。使徒に命中するが、コアを外す。
使徒は高エネルギービームをエヴァ初号機に向けて放つ。二子山は高熱で熔ける。陽電子砲は健在で、方針冷却、再充填を開始。シンジは恐怖で呆然とする。ゲンドウは狙撃手を零号機に変更する。ミサトは「彼に託すべきです。自分の子供を信じて下さい。」と反対する。ゲンドウはミサトに任せる。シンジの初号機が立ち上がり、陽電子砲を狙撃場所に持って来る。ミサトは「今一度、日本中のエネルギーと一緒に、私たちの願い、人類の未来、生き残ったすべての生物の命をあなたに預けるわ」とシンジを励ます。
使徒のドリルが全ての装甲版を貫通する。陽電子砲の第2射に向けて、ヒューズを交換、砲身冷却終了。照準はマニュアルに切り替え、誤差修正はパイロットの手動操作に任せる。使徒が再び高エネルギービームを二子山に撃って来る。シンジは覚悟するが、盾を持ったレイの零号機が身を呈して必死に初号機とシンジを守る。しかし盾が持たず、溶け始める。
ようやく再充填が完了し、シンジは陽電子砲を発射する。陽電子ビームは今度こそ使徒のコアを貫き、使徒は崩壊する。NERV本部へ使徒の血の雨が降る。
初号機は零号機の後頭部をプログレッシブ・ナイフで叩いて、エントリープラグを射出させる。初号機から出たシンジは、高熱のハッチを開け、レイを救出する。シンジはレイに「自分には他に何も無いって、そんなこと言うなよ。別れ際にサヨナラなんて、悲しいこと言うなよ。」と言うと、無事を安心して涙を流す。レイは「こんな時、どういう顔をすればいいのか、分からないの。」と戸惑うと、シンジは「笑えば、良いと思うよ」と答える。レイは微笑む。2人は手と手を握る。
その頃、月面では渚カヲルが目覚め「分かっているよ。あちらの少年が目覚め、概括の段階に入ったんだろ」と言う。ゼーレのモノリス01キール・ローレンツが「そうだ。死海文書外伝は掟の書へと行を移した。契約の時は近い」と答える。その前の月面には、建造中のエヴァンゲリオンが横たわっていた。カヲルが「会える時が楽しみだよ。碇シンジ君」と呟く。
（字幕「つづく」。エンドクレジット。テーマソング『Beautiful World』宇多田ヒカル）
『ヱヴァンゲリヲン新劇場版：破』の予告編
（写真は「ＩＭＤｂ」「映画ｃｏｍ」より）