「近畿三十六不動巡り」智積院・京都市東山区にある真言宗智山派総本山の寺院である。寺号を根来寺という。本尊は金剛界大日如来、開基は玄宥である。智山派の大本山寺院としては、千葉県成田市の成田山新勝寺（成田不動）、神奈川県川崎市の川崎大師平間寺及び東京都八王子市の高尾山薬王院がある。智積院の歴史は複雑で、紀州にあった大伝法院と、豊臣秀吉が、三歳で死去した愛児鶴松のために建てた祥雲寺という二つの寺が関係している。
智積院は、もともと紀州根来山・大伝法院（根来寺）の塔頭であった。大伝法院は真言宗の僧覚鑁が大治五年（1130年）、高野山に創建した寺院だが、教義上の対立から覚鑁は高野山を去り、保延六年（1140年）、大伝法院を根来山に移して新義真言宗を打ち立てた。
智積院は南北朝時代、この大伝法院の塔頭として、真憲坊長盛という僧が建立したもので、根来山内の学問所であった。近世に入って、根来山大伝法院は豊臣秀吉と対立し、天正十三年（1585年）の根来攻めで、全山炎上した。当時の根来山には2,000もの堂舎があったという。
当時、智積院の住職であった玄宥は、根来攻めの始まる前に弟子たちを引きつれて寺を出、高野山に逃れた。玄宥は、新義真言宗の法灯を守るため智積院の再興を志したが、念願がかなわないまま十数年が過ぎた。関ヶ原の戦いで徳川家康方が勝利した翌年の慶長六年（1601年）、家康は東山の豊国神社の付属寺院の土地建物を玄宥に与え、智積院はようやく復興した。
さらに、三代目住職日誉の代、元和元年（1615年）に豊臣氏が滅び、隣接地にあった豊臣家ゆかりの禅寺・祥雲寺の寺地を与えられてさらに規模を拡大し、山号を現在も根来に名を残す山「五百佛山」、復興後の智積院の寺号を「根来寺」とした。